学院始建于1940年9月，原名为国立青海初级实用职业学校，校址最初在青海贵德县佘乃亥，1947年迁至湟源县；1949年9月青海解放后，职校由湟源县人民政府接管，改名为湟源县职业学校；1950年12月，更名为青海省湟源农牧技术学校，隶属省畜牧厅、文化厅共同管理；1955年5月学校由青海省畜牧厅主管，改名为青海省湟源畜牧学校，简称湟源牧校。在此基础上1984年设立青海省畜牧厅成人职工中专学校，1997年设立青海省畜牧职业中专。1994年、2000年先后被教育部确定为“国家级重点中专学校”；1998年被农业部确定为“全国农业职业技术教育培训示范基地”；2002年4月经省人民政府批准，升格为青藏高原惟一的全日制农牧类高等职业院校，学院仍隶属省农牧厅管理。2007年8月经教育部、财政部批准，成为国家100所示范性高等职业院校之一。

杨予海： 2007.4-2018.03.12任青海畜牧兽医职业技术学院院长；马文林：2018.03.12-2020.02.20任青海畜牧兽医职业技术学院院长

截至2020年2月20日，学校官网显，全院现有教职工254人，临时聘用人员67人。校内专兼职教师211人，其中，专职教师149人，兼课教师62人，校外兼职教师124人，“双师”型教师为153人；校内专兼职教师中教授17人，副高职称68人；博士5人、硕士研究生21人，学位硕士55人；有省级优秀专家1名，省部级名师2名，5名教师顺利完成省教育厅135高层次人才培养工程“拔尖学科带头人”和“创新教学科研骨干”的培养；1名教师荣获全国“五一”劳动奖章，1名教师荣获全国师德标兵，1名教师获得第四届黄炎培职业教育杰出教师奖，1名教师荣获全国高校公共关系教学名师，1名教师获得全国优秀科技工作者荣誉称号；畜牧兽医等四个专业教学团队被命名为省级教学团队。2015年与江南大学物联网工程学院达成协议，聘用国家级专家彭力教授开展物联网应用技术专业的建设与开发，已取得了阶段性成果。利用中组部、团中央“第16批博士团服务计划”引进南京农业大学李延森博士参与教学管理和科研工作。

截至2020年2月20日，学校官网显示，学院设动物科学系、动物医学系、农林科学系、农业经济管理系、信息工程系五个系和一个基础部。目前，学院开设24个专业（包括4个方向性专业），其中畜牧兽医、动物防疫与检疫、植物保护（草原与饲料）、农业经济管理4个国家级重点专业，兽医、宠物医学等5个省级重点专业，景区开发与管理（草原生态与旅游）、老年服务与管理等3个省级特色专业，现代农业(现代农业信息技术应用)、水产养殖等6个院级特色专业，涵盖《普通高等学校高职高专（专科）专业目录》中农林牧渔、电子信息、财经、旅游、公共事业、文化教育六大类。

截至2020年2月20日，学校官网显， 学院占地面积20.42万平方米，建筑面积11.978万平方米，固定资产总值10141.47万元，建有校园网，设有电子阅览室，图书馆纸质藏书22.38万册，电子图书增加6320.47GB。设有动物营养与饲料分析中心、动物疫病检测中心等48个实训室，有养殖实训基地、家畜繁育改良中心、动物医院、种植实训基地等4个校内实习基地。