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哈尔滨医科大学始源于1926年创建的哈尔滨医学专门学校，后与兴山中国医科大学（原创建于1931年的中国工农红军卫生学校）中华人民共和国成立后与哈尔滨医科大学合并。1956年6月，更名为哈尔滨医学院；1958年11月，恢复哈尔滨医科大学校名。该校在《2007中国大学评价》编制的2007中国大学自然科学100强排名中名列第七十五；2010年医学院校总排名第15名；2012年医学类大学排名第4名；2012年医学院校总排名第17名；。2012年入选中西部高校基础能力建设工程重点建设高校。学校为国家教育部首批试办七年制高等医学教育的院校之一，2010年，入选”特色重点学科项目“建设高校。 2012年11月入选第一批卓 越医生教育培养计划项目试点高校，承担拔尖创新医学人才培养模式改革试点和五年制临床医学人才培养模式改革试点项目。 2013年5月22日入选“中西部高校基础能力建设工程”项目高校名单，学校入选。 2014年，学校作为牵头方成立中俄医科大学联盟。 2015年11月20日，黑龙江省人民政府、国家卫生计生委、教育部共建哈尔滨医科大学。 2018年2月入选黑龙江省高水平大学和优势特色学科建设高校及建设学科。

隋永起：1984.6-1989.7任哈尔滨医科大学校长；金铮：1989.7-1997.8任哈尔滨医科大学校长；金连弘：1997.8-2001.6任哈尔滨医科大学校长；杨宝峰：2001.6-2018.10任哈尔滨医科大学校长；张学：2018.10.7至现今任哈尔滨医科大学校长。

截至2020年1月20日，学校官网显示，学校拥有博士学位一级学科授权点9个，二级学科授权点62个；硕士学位一级学科授权点11个，二级学科授权点64个；博士后科研流动站5个。校本部有本科专业18个。在校普通教育本科生7972人（不含校区），研究生5799人，留学生641人。

截至2020年1月20日，学校官网显示，学校设18个二级院部和8个事业单位。现有教职工16958人。有中国工程院院士2人，获南丁格尔奖1人，国务院学科评议组成员3人，教育部高等学校教学指导委员会委员18人，全国医学专业学位研究生教育指导委员会委员3人，国家级教学名师4人，国家杰出青年科学基金获得者2人，国家优秀青年科学基金获得者1人，入选“千人计划”2人、“万人计划”6人、“长江学者”8人，享受国务院政府特殊津贴94人。

截至2020年1月20日，学校官网显示,学校拥有国家重点学科2个、国家重点培育学科1个，国家临床重点专科建设项目33个，省级重点学科（群）21个，省级领军人才梯队31个。在第四轮学科评估中，1个学科进入Ａ类（A-）、8个学科进入Ｂ类（2个B+、3个B、3个B-）。有国际合作联合实验室2个，省部共建国家重点实验室培育基地1个，教育部重点实验室3个，卫健委重点实验室2个，省级重点实验室13个，省普通高校重点实验室11个。与地方政府和企业共建院士工作站2个。建立了北方医学转化研究合作中心。