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1952年，大规模高校院系调整开始了，以原南京大学工学院机械工程系、土木工程系、化学工程系、建筑工程系、电机工程系以及农学院食品工业系共6个系为基础，并入金陵大学化学工程系和电机工程系，以及江南大学机械工程系、电机工程系和食品工业系，成立多科性的工业大学，名为南京工学院。
1988年6月，南京工学院复更名为东南大学。
2000年4月，东南大学与南京铁道医学院合并，同年南京地质学校并入东南大学。
现今东南大学设有29个院（系），拥有75个本科专业，29个博士学位授权一级学科点，49个硕士学位授权一级学科点，23个博士后科研流动站，5个一级学科国家重点学科（涵盖15个二级学科），5个二级学科国家重点学科，1个国家重点（培育）学科，11个江苏高校优势学科建设工程一期项目立项学科（群），10个江苏省一级学科重点学科，3个国家重点实验室，2个国家工程研究中心，2个国家工程技术研究中心，1个国家专业实验室，11个教育部重点实验室，5个教育部工程研究中心，并以此为依托形成了一批重点科研基地。发展为一所以工科为主要特色，理学、工学、医学、文学、法学、哲学、教育学、经济学、管理学等多学科协调发展的综合性、研究型大学。截至2012年5月，东南大学有全日制在校生29000余人，其中研究生13000余人，另有在职硕士研究生3100余人。
东南大学坐落于江苏省南京市，是中央部属、教育部直属的全国重点大学，是中国著名的建筑老八校之一，国家“211工程”、“985工程”、“卓越工程师教育培养计划”和“111计划”重点建设的名牌大学。

历任校长：
韦钰：1985-1993年任南京工学院院长任东南大学校长；陈笃信：1993.11-1997.10任东南大学校长；顾冠群：1997.10-2006.6任东南大学校长；易红：2006.6-2015.11任东南大学校长；张广军：2015.11任东南大学校长。