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浙江海洋学院创建于1958年，1998年由原浙江水产学院和舟山师范专科学校合并组建，此后舟山卫生学校、浙江水产学校、浙江省海洋水产研究所、舟山石化学校、舟山商业学校等学校（单位）相继并（进）入。1996年10月，浙江水产学院宁波分院与宁波师范学院等高校组建合并为新宁波大学。 1998年，浙江水产学院和舟山师范专科学校合并组建浙江海洋学院。 2000年1月，经国家教育部和浙江省人民政府批准，浙江海洋学院东海科学技术学院成立。 2000年之后，舟山卫生学校、浙江水产学校、浙江省海洋水产研究所、舟山石化学校、舟山商业学校等学校（单位）相继并（进）入。 2005年，学校获得硕士学位授权单位资格。 2007年，浙江海洋学院普陀科学技术学院正式授牌。由舟山市普陀区人民政府、浙江海洋学院共建共管，为浙江海洋学院二级学院，分为高职部和中职部，办学的主体部分性质为公办。 2013年，西校区、石化校区、医学院校区拆除，本部搬迁至长峙岛新校区。 2013年9月，在杭州设立萧山校区并正式投入使用，占地500亩，建筑规模18.46万平方米，总投资86500万元。 2014年6月，浙江海洋学院普陀科学技术学院独立为浙江舟山群岛新区旅游与健康职业学院。 2014年7月，根据《浙江省人民政府办公厅关于调整浙江海洋学院萧山校区办学体制的复函》，浙江海洋学院萧山校区转让500亩中的350亩土地及地上建筑物给浙江师范大学，设立浙江师范大学萧山校区。 2015年9月浙江海洋大学党委书记刘宏明与汤加王国首相波希瓦签署教学科研合作备忘录，确定共建一所中汤国际海洋大学。 2016年3月，经教育部批准学校正式更名为浙江海洋大学。

冯士：1999.6-2005.8.15任浙江海洋学院院长；苗振清：2005.8.15-2012.02.16任浙江海洋学院院长；吴常文：2012.02.16-2016.05任浙江海洋学院院长；吴常文：2016.05-2017.7.28任浙江海洋大学校长；严小军：2017.11.12-2018.12.06任浙江海洋大学校长；陈建孟：2018.12.06-2020.02.17任浙江海洋大学校长。

截至2020年2月17日，学校官网显，拥有各类全日制在校学生11202人；教职工1127人，其中专任教师781人。专任教师中具有博士学位392人，具有高级专业技术职务417人，其中正高级技术职务150人。拥有双聘院士11人，国家级特聘专家、国家“万人计划”、教育部“长江 学者”、国家杰出青年基金获得者、国家“新世纪百千万人才工程”、教育部“新世纪优秀人才支持计划”、国务院特殊津贴专家35人，入选浙江省特级专家、“钱江学者”特聘教授、“151人才工程”等80人，省级教学、科技创新团队10个。

截至2020年2月17日，学校官网显示，学校现有省一流学科A类2个、B类7个，其中水产学科位列2019软科中国最好学科排名第三、海洋科学学科位列第七。拥有海洋科学、水产、船舶与海洋工程、石油与天然气工程、食品科学与工程、农林经济管理、机械工程、数学、水利工程9个一级学科硕士点，工程、农业、教育、旅游管理、药学5个专业硕士学位类别，并具有同等学力硕士学位授予权。设置48个本科专业，其中国家一流专业2个，国家特色专业2个，省一流专业10个，省重点专业9个，省优势专业4个，省新兴特色专业8个。现设有10个学院，建有浙江省海洋水产研究所等科研机构，举办独立学院——浙江海洋大学东海科学技术学院。

截至2020年2月17日，学校官网显示，学校总占地面积2608亩（其中海域使用面积720亩），校舍建筑面积48.2万平方米，纸质图书187.9万册，教学科研仪器设备资产超过4.3亿元。