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历史沿革：
1948年7月成立黑龙江农业干部学校（后来改为黑龙江专科学校)
1956年改建为北安农学院。
1956年7月，国务院、中央军委决定将中国人民解放军兽医大学全体职工集体转业到地方，改名为长春畜牧兽医大学。
1957年11月12日，北安农学院与长春畜牧兽医大学合并，成立吉林省农学院。
1958年9月，长春农业机械化学校升格为长春农业机械化专科学校。
1959年1月，长春农业机械化专科学校并入吉林农业大学，长春农业机械化专科学校改为农机系。
1960年3月，农机系从农大分离出去，该为长春农业机械学院。
1961年3月，长春农业机械化学院再度并入吉林农业大学，改为吉林农业大学农业机械化学院。
吉林特产学院创建于1958年。
1961年春，中共中央东北局和吉林省省委对我省高等农业院校开始进行调整。
1961年4月省委决定将吉林特产学院并入吉林农业大学，改为吉林农业大学特产学院。
1962年8月，吉林农业大学特产学院改为特产系。
1978年3月，吉林省革命委员会决定恢复吉林农业大学。
1978年6月学校开始全面回迁到吉林农业大学校址-;吉林省长春市。
2013年入选国家级大学生创新创业训练计划项目。 2016年，入选首批50所"全国创新创业典型经验高校"名单。 2017年，认定为全国首批深化创新创业教育改革示范高校；成为首批承建农业部中非农业科研机构“10+10”合作项目中方单位；入选“高等学校学科创新引智计划”（即“111计划”） 2018年6月，吉林农业大学成为“一带一路 南南合作农业教育科技创新联盟”理事成员单位。 2019年2月，被教育部认定为首批高等学校科技成果转化和技术转移基地。

现任领导：
党委书记-(姚秋杰)、
校 长-(秦贵信)、
纪委书记-(温成涛)、
党委副书记-(戴立生)、
副校长-(孙少平 孙爱军 张立峰 陈 光)、
历任校长：
李冷斋：（1978.04至1983.01，任吉林农业大学校长）；
王殿仕：（1983.05至1985.08，任吉林农业大学校长）；
李 超 ：（1985.08至1990.11，任吉林农业大学校长）；
李 玉 ：（1992.07至2004.09，任吉林农业大学校长）；
郭庆海：（2004.09至2006.04，任吉林农业大学校长）；
姚秋杰：（2006.04至2008.05，任吉林农业大学校长）；
秦贵信：2008.05-2017.02任吉林农业大学校长；冯江：2017.02至现今任吉林农业大学校长。

截至2020年1月10日，学校官网显示， 学校现有教职工1863人，拥有中国工程院院士1人、双聘院士1人，国务院学位委员会学科评议组成员5人，教育部高等学校教学指导委员会成员9人，国家突出贡献专家5人，国家级教学名师1人，“万人计划”4人，国家“百千万人才工程”5人，国务院特贴专家48人，科技部中青年科技创新领军人才4人，教育部新世纪优秀人才8人，“长白山学者”特聘教授7人、讲座教授5人，吉林省高级专家26人，吉林省拔尖创新人才50人；教育部“长江学者创新团队”1个，国家级优秀教学团队1个，首批全国高校“黄大年式教师团队”1个，首批吉林省高校“黄大年式教师团队”2个，“黄大年式科研团队”1个。2018年获批“国家级专家服务基地”。

截至2020年1月10日，学校官网显示，学校设有18个学院，1个研究生院和1个直属教学部门。是我国首批具有学士、硕士学位授予权的高校，省属院校中最早获得博士学位授权的高校。拥有9个博士后科研流动站，居省属高校首位；9个博士学位授权一级学科，居省属高校首位；18个硕士学位授权一级学科，居省属高校前列；9个硕士专业学位授权类别、15个硕士专业学位授权领域；1个国家重点（培育）学科，3个部委级重点学科和13个省级特色高水平学科；植物学与动物学学科进入ESI全球前1%。