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浙江海洋大学创建于1958年，1962年，舟山水产学院从浙江农业大学分出重新建制。 1966年以后受“文化大革命”的影响，学校本科教育停止招生达11年之久。 1975年8月16日，经国务院批准恢复舟山水产学院，并改名为浙江水产学院。 1984年9月，学校借用宁波清水浦渔业基地建立教学点。 1985年8月，省委同意学校在宁波设立浙江水产学院宁波分院。1958年，舟山师范专科学校创建。 1959年，舟山师范专科学校撤销。 1978年，在舟山师范学校内设浙江师范学院舟山分校，学制3年，设物理、化学两专业。 1983年，学校改建成舟山师范专科学校。 1996年10月，浙江水产学院宁波分院与宁波师范学院等高校组建合并为新宁波大学。 1998年，浙江水产学院和舟山师范专科学校合并组建浙江海洋学院。 2000年1月，经国家教育部和浙江省人民政府批准，浙江海洋学院东海科学技术学院成立。 2000年之后，舟山卫生学校、浙江水产学校、浙江省海洋水产研究所、舟山石化学校、舟山商业学校等学校（单位）相继并（进）入。 2013年，西校区、石化校区、医学院校区拆除，本部搬迁至长峙岛新校区。 2015年9月浙江海洋大学党委书记刘宏明与汤加王国首相波希瓦签署教学科研合作备忘录，确定共建一所中汤国际海洋大学。 2016年3月，经教育部批准学校正式更名为浙江海洋大学。 2016年6月，入选浙江省国际化特色高校建设工程 [16-17] 2016年11月，国家海洋局和浙江省政府签发了《关于共建浙江海洋大学的意见》。] 2018年12月， 经浙江省政府同意，省教育厅与舟山市签署协议，以“省市共建”方式支持浙江海洋大学创建一流学科。

冯士：1999.6-2005.8.15任浙江海洋学院院长；苗振清：2005.8.15-2012.02.16任浙江海洋学院院长；吴常文：2012.02.16-2016.05任浙江海洋学院院长；吴常文：2016.05-2017.7.28任浙江海洋大学校长；严小军：2017.11.12-2018.12.06任浙江海洋大学校长；陈建孟：2018.12.06-2020.02.17任浙江海洋大学校长。

截至2020年2月17日，学校官网显，拥有各类全日制在校学生11202人；教职工1127人，其中专任教师781人。专任教师中具有博士学位392人，具有高级专业技术职务417人，其中正高级技术职务150人。拥有双聘院士11人，国家级特聘专家、国家“万人计划”、教育部“长江 学者”、国家杰出青年基金获得者、国家“新世纪百千万人才工程”、教育部“新世纪优秀人才支持计划”、国务院特殊津贴专家35人，入选浙江省特级专家、“钱江学者”特聘教授、“151人才工程”等80人，省级教学、科技创新团队10个。

截至2020年2月17日，学校官网显，学校的建设和发展一直得到党和国家领导人的亲切关怀和大力支持。习近平总书记主政浙江期间两次莅临学校视察指导工作。习近平在学校视察时，对学校坚持海岛办学给予了充分肯定，要求学校继续走艰苦奋斗之路，围绕地方经济建设，努力办出特色，为全省海洋经济发展作出贡献。李铁映、姜春云、赵洪祝、郝建秀、路甬祥、韩启德、周铁农、蒋树声、董建华、何厚铧、宋健等党和国家领导人在视察学校或办学题词时，对学校发展寄予厚望。张德江、李强、夏宝龙、铁瑛、李泽民、李丰平、柴松岳等历任省领导多次视察指导学校工作，对学校发展给予了高度关注和大力支持。中共中央政治局原常委、第八届全国人大常委会委员长乔石同志为学校题写校名。

截至2020年2月17日，学校官网显示，学校坚持以人才培养为中心，以社会需求为导向，致力于培养德智体美劳全面发展的、具有国际视野和海洋精神、人文素养和合作竞争意识、创新创业能力和实践技能的复合应用型人才。教学成果曾获国家二等奖1项，近五年来，获省级教学成果一等奖4项、二等奖4项。学校是教育部新工科研究与实践项目、国家卓越农林人才教育培养计划改革项目试点高校，建有国家级实验教学示范中心、国家级大学生校外实践教育基地、国家自然科学基金委野外实习基地（共建）以及国内首个海岛野外生存教学实验基地，是海洋类高校中唯一的国家级创新人才培养示范基地（共建）。近5年来，学生在各类学科性竞赛中获国家级奖160余项、省部级奖3300余项，其中全国“挑战杯”大学生创业大赛金奖2项、“累进创新专项奖”金奖1项，全国“挑战杯”大学生课外学术科技作品竞赛特等奖1项、全国“互联网+”创新创业大赛银奖1项。