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李日千：1988.7-1997.1任温州医学院院长；瞿佳：1997.3-2013.6任温州医学院院长；瞿佳：2013.6-2015.10任温州医科大学校长；吕帆：2015.10-2018.4任温州医科大学校长；李校堃：2018.4-2020.02.01任温州医科大学校长。

1952年2月，与浙江大学医学院合并，更名为浙江医学院。1958年8月，成立“浙江第二医学院”。2013年4月18日，教育部复函浙江省人民政府，同意温州医学院更名为温州医科大学 2014年11月，中国生物工程学会转化医学专业委员会落户温州医科大学。 [16] 2015年4月，学校成功入选国家卓越医生（中医）教育培养计划改革试点高校，并承担中医学五年制本科人才培养模式改革试点项目和面向基层的中医全科医学人才培养模式改革试点项目。9月，学校成为浙江省人民政府、国家卫生和计划生育委员会和教育部共建高校。 [17-18] 2016年5月，台州市妇女儿童医院更名为温州医科大学附属台州妇女儿童医院，9月，学校入围国家外专局公布的新一批“高等学校学科创新引智计划”高校名单。11月，新昌县人民医院正式成为学校非直管附属医院筹建单位。 [19-21] 2017年12月14日，由国家科技部和浙江省人民政府批准建设的省部共建眼视光学和视觉科学国家重点实验室在温州医科大学正式揭牌。 2019年12月14日，发起成立长三角医学教育联盟。

截至2020年2月1日，学校官网显示，学校设有15个二级学院，有5所附属医院，在浙江省设有19所非直管附属医院（临床学院），开设26个本科专业，2个专科专业，涉及医学、理学、工学、管理学、文学、法学、教育学等七大学科门类。

截至2020年2月1日，学校官网显示，学校现有教职员工及医护人员10000余人（含附属医院），其中具有高级专业技术职务1600余人。学校本部现有专任教师2269人，其中具有正高级专业技术职务349人，具有副高级专业技术职务462人，博士学位813人。一批优秀教师入选国家“千人计划”、国家“万人计划”、“长江学者奖励计划”、国家“百千万人才工程”、国家有突出贡献中青年专家、教育部“新世纪优秀人才支持计划”、国家卫生计生委有突出贡献的中青年专家、省特级专家、省“千人计划”、省高校特聘教授等高层次人才；教师荣获“全国优秀教师”“全国师德标兵”“全国三八红旗手”“全国卫生计生系统先进个人”，“眼视光学院教师团队”入选首批全国高校黄大年式教师团队等荣誉。获评省重才爱才先进单位。

截至2020年2月1日，学校官网显示，学校有国家特色专业建设点4个，获教育部“卓越医生教育培养计划”试点项目5个，、国家专业综合改革试点项目1个，浙江省普通本科高校新兴特色专业3个，温州市重点建设专业7个；有国家级虚拟仿真实验教学中心1个，国家级人才培养创新实验区1个，国家级实验教学示范中心2个，国家级实践教育基地1个，浙江省级实验教学示范中心9个，浙江省级人才培养模式创新实验区1个；有国家级精品资源共享课程5门、国家双语教学示范课程1门、国家级来华留学生英语授课品牌课程2门。