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牛万龄：1980.10-1992.10任杭州商学院院长；钱尚伟：1992.7-1997.6任杭州商学院院长；胡祖光：1997.6-2004.6任杭州商学院院长；胡祖光：2004.6-2007.10任浙江工商大学校长；胡建淼：2007.10-2011.10任浙江工商大学校长；张仁寿：2011.3-2015.10任浙江工商大学校长；陈寿灿：2015.10起任浙江工商大学校长。

1999年学校管理体制实行重大变化，实行“中央与地方共建，以地方管理为主”的管理体制，并被浙江省列为重点建设大学。 1999年1月8日、5月10日，浙江省副省长鲁松庭来院视察；7月23日，浙江省委书记张德江、副省长鲁松庭等来院视察；9月1日，浙江省省长柴松岳、副省长鲁松庭等来院视察。 1999年9月，民办二级学院——国际经贸学院成立。 2000年1月，教育部授予教务处“全国普通高校优秀教务处”称号。 2000年3月，浙江省政府决定，将原浙江商校教工路27号校区的土地、房产调整划拨给杭州商学院。 2001年5月8日，举行建校九十周年庆祝大会，并举办全国高等商科教育论坛和张之桢纪念会。2001年7月向浙江省教育厅递交要求升格为大学的请示报告。 教工路校区 教工路校区(22张) 在浙江省委、省政府支持下，1999年和2001年原杭州应用工程学校、杭州化学工业学校和浙江省政法管理干部学院并入浙江工商大学。 2002年7月，浙江省政府办公厅下发抄告单，同意学院开展华东工商大学筹建工作。 2002年10月31日，举行下沙校区开工奠基仪式。 2003年9月，获企业管理、统计学、食品科学博士学位授予权。

杭州商学院学校占地面积2023亩，分为教工路校区和下沙校区。建筑面积80万平方米。教学仪器设备总值1.3亿元，教学用计算机7100余台。现设有工商管理、市场营销、人力资源管理、经济学、国际经济与贸易、金融学、统计学、会计学、财务管理、旅游管理、资源环境与城乡规划管理、电子信息工程、通信工程、信息管理与信息系统、电子商务、计算机科学与技术、软件工程、物流管理、广告学、编辑出版学、行政管理、土地资源管理、公共事业管理、法学、英语、日语、艺术设计等26个本科专业。在校本科生8000余人。学校设有教育部国外考试(托福、GRE)中心、浙江省惟一的全国英语（PETS-5）考试点和浙江省计算机应用能力培训考核点。