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复旦大学上海医学院（原上海医科大学）创建于1927年，创立时名为国立第四中山大学医学院，是中国人创办的第一所国立大学医学院。 1978年，上医再度被国务院认定为全国重点院校。 1981年，经国务院批准，学校成为全国首批博士和硕士学位授予单位。 1984年，成为国务院批准的首批试办研究生院的22所重点高校之一。 1985年，经卫生部批准，上海第一医学院改名为上海医科大学。 1995年，上海医科大学通过“211工程”预审，为上海第一所获此资格的高校。同年9月，卫生部和上海市人民政府决定共建上海医科大学，卫生部部属体制不变，同时实行卫生部与上海市双重领导。自2000年2月下旬起，上海医科大学由卫生部划转教育部管理。 2000年4月27日，上海医科大学和复旦大学（1999年进入“985工程”）合并办学，组建为新的复旦大学。5月，学校在原上海医科大学的架构上建立了复旦大学医学院，受学校委托，在授权范围内负责对原上海医科大学所属的学院（部）、附属医院、科研机构和直属单位实施领导和管理。

截至2020年2月12日，学校官网显，学院有专任教师455人、专职科研人员97人，其中高级职称351人。据2018年12月学院官网显示，学院有中国科学院院士6人（沈自尹、王正敏、葛均波、徐国良、杨雄里、樊嘉），中国工程院院士5人（汤钊猷、陈灏珠、顾玉东、闻玉梅、周良辅），教育部“长江学者奖励计划”特聘教授28名，讲座教授8名，另有青年长江学者6名。“国家重点基础研究发展计划（含重大科学研究计划）”项目首席科学家16人。国家杰出青年科学基金获得者36人，国家优秀青年科学基金获得者15人。

截至2020年2月12日，学校官网显，复旦大学附属中山医院、复旦大学附属华山医院、复旦大学附属肿瘤医院、复旦大学附属妇产科医院、复旦大学附属儿科医院、复旦大学附属眼耳鼻喉科医院、复旦大学附属金山医院、复旦大学附属上海市第五人民医院、上海市公共卫生临床中心（复旦大学附属公共卫生临床中心）、复旦大学附属华东医院、复旦大学附属浦东医院、复旦大学附属静安区中心医院、复旦大学附属闵行医院、复旦大学附属精神卫生中心（筹）、复旦大学附属青浦区中心医院（筹）、复旦大学附属口腔医院（筹）、复旦大学附属质子重离子医院。