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现今的复旦大学由原复旦大学和上海医科大学于2000年4月27日合并而成，复旦大学源于马相伯1905年在吴淞创办的复旦公学，1917年始设大学部,1949年，学校设立文、 理、法、商、农五院20多个系（科）。1952年秋，复旦大学的法学院、商学院、农学院调出，分别成立了华东政法学院、上海财经学院和沈阳农学院（即沈阳农业大学）；而华东地区的浙江大学、交通大学、南京大学、安徽大学、金陵大学、圣约翰大学、沪江大学、震旦大学、（上海）大同大学、光华大学、大夏大学、上海学院、中华工商高等专科学校、中国新闻高等专科学校等高等院校的文、理科有关院系并入复旦大学，学校由应用学科见长的高校变为文理综合大学，2000年4月27日，上海医科大学与复旦大学合并，成立新的复旦大学。主创办的第一所大学”。吴邦国参加校庆大会并致词。国家邮政总局发行复旦百年校庆纪念邮票，这是继北京大学百年校庆后中国第二次为一所大学百年校庆发行邮票。 2006年，“复旦”被评为上海市著名商标。同年，首批入选国家“111计划”。 2007年，“复旦”商标（包括“复旦”二字和图形标识）被国家工商行政管理总局商标局认定为中国驰名商标（教育类），复旦因此成为继清华大学之后，中国第二所获此殊荣的高校。同年，首批入选国家大学生创新性实验计划。 2009年，入选国家“珠峰计划”。 2011年5月，被教育部评为全国毕业生就业典型经验高校。 2012年11月，入选国家第一批卓越医生教育培养计划项目试点高校和首批卓越法律人才教育培养基地。 2013年5月，被确定为首批民政部社会工作专业人才培训基地。 2016年11月，入选国家支持高校创建的首批16个中华优秀文化艺术传承基地之一。 2017年9月，入选国家“双一流”（世界一流大学和一流学科）建设高校。 2018年5月，复旦大学泛海国际金融学院等机构发起组建“中国高校绿色金融研究联盟”；成立复旦大学-谷歌科技创新实验室。 2019年4月，首批入选上海高等学校一流研究生教育引领计划。 2020年1月，学校入选基础学科招生改革试点（即“强基计划”）。

金成棣：；1986.6.26-1996.6任上海城市建设学院院长。 张镜如：1985.5-1988.9任上海医科大学校长；汤钊猷：1988.9-1993年11任上海医科大学校长；姚泰：1994.1-2000.4任上海医科大学校长；
复旦大学
谢希德:1983.1-1988.11任复旦大学校长：华中一：1988.11-1993.11任复旦大学校长；杨福家：993.11-1998.12任复旦大学校长；王生洪：1998.12-2009.1任复旦大学校长；杨玉良：2009.1-2014.10任复旦大学校长；许宁生：2014.10-2020.02.12任复旦大学校长。

截至2020年2月12日，学校官网显示，在校教学科研人员3110人。中国科学院、中国工程院院士（含双聘）47人，文科杰出教授1人，文科资深教授13人，国家杰出青年科学基金119人，国家各类重要青年人才计划入选者301人次。

截至2020年2月12日，学校官网显示，学校设有本科专业76个，拥有一级学科博士学位授权点37个，一级学科硕士学位授权点43个（含一级学科博士学位授权点），博士专业学位授权点4个，硕士专业学位授权点32个，博士后科研流动站35个。在校普通本、专科生13623人，研究生22610人（含全日制和非全日制的大陆港澳台生），留学生3672人

截至2020年2月12日，学校官网显示，学校有国家重点实验室5个，国家数学中心1个，国家教材建设重点研究基地1个，国家临床医学研究中心2个，国家制造业创新中心1个，教育部工程研究中心7个，教育部重点实验室14个，卫健委重点实验室9个，总后勤保障部卫生部重点实验室1个，上海市重点实验室15个，上海市工程研究中心11个；有教育部人文社会科学重点研究基地10个，中国研究院入选首批国家高端智库建设试点单位，马克思主义学院入选首批全国重点马克思主义学院，“中国大学智库论坛”秘书处落户复旦。

截至2020年2月12日，学校官网显示，在QS世界大学排名中列全球第44位，复旦大学位列国内高校第3位。在学术影响力方面，复旦进入ESI世界前1%的学科领域数19个，位列中国大陆高校第2名（并列），其中，化学、材料科学、临床医学、药理学与毒理学进入全球1‰。在QS世界学科排名中，复旦有10个学科位列世界前100，总量在国内排名第三；五大学科门类均位居全球前100位，在中国大陆地区仅二所高校跻身此列。U.S.News世界学科排名中，有4个学科跻身世界前50，THE泰晤士高等教育世界学科排名中，1个学科大类跻身世界前50。在全国第四轮一级学科评估中，5个学科获评A+，参评的学科中60%以上获评A类学科。此外有14个学科入选上海市高峰学科建设。