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上海交通大学始于清末洋务派政治家、实业家盛宣怀于1896年创建的南洋公学。当时设立了师范院、外院、中院和上院四院。与北洋大学堂同为近代历史上中国人自己最早创办的大学。1959年7月31日交通大学上海部分、西安部分分别独立为两所学校。同年，经国务院批准，交通大学上海部分正式定名为上海交通大学。2001年，首批获准试办国家示范性软件学院。 2002年，经教育部批准，成立中国高校首个海外研究生院——上海交通大学新加坡研究生院（2019年7月注册成立）。 2005年7月18日，上海第二医科大学与上海交通大学合并，成立了由教育部、上海市人民政府重点共建的上海交通大学医学院。 2006年，首批入选国家“111计划”。 2007年， 成为研究生培养机制改革首批试点高校之一。 2009年4月，上海市人民政府依托学校成立上海交通大学上海高级金融学院 。 2010年6月，入选教育部第一批“卓越工程师教育培养计划”高校。 2012年5月，入选国家首批卓越法律人才教育培养计划。11月，入选教育部、卫生部第一批“卓越医生教育培养计划“高校。 2014年，入选国家“2011计划”；入选国家首批卓越农林人才教育培养计划项目试点高校。 2015年10月，上海交大-南加州大学文化创意产业学院揭牌成立。 2016年4月8日，在纪念上海交通大学建校120周年之际，1947届校友江泽民同志专程为母校发来贺信。 2017年9月，入选国家“双一流”（世界一流大学和一流学科）建设高校；上海交通大学医学院成立儿科学院，中国历史最悠久的医学院儿科系正式升格为国内规模最大的儿科学院。 2018年11月，成为医学“双一流”建设联盟成员。 2019年4月，首批入选上海高等学校一流研究生教育引领计划。

交通大学
翁史烈：1984.7-1997.1任上海交通大学校长； 谢绳武：1997.7-2006.11任上海交通大学校长： 张杰：2006.11-2017.02.21任上海交通大学校长；林忠钦：2017.2.21-2020.02.12任上海交通大学校长。

截至2020年2月12日，学校官网显，有国家“万人计划”教学名师2人，国家高层次人才特殊支持计划1人，国家级高等学校教学名师奖获得者8人，上海市教学名师奖获得者33人，国家级教学团队8个，上海市教学团队15个；有国家级视频公开课、精品资源共享课程、精品在线开放课程、双语示范课程等48门，上海市精品课程、重点课程、高校示范性全英语课程等343门。

截至2020年2月12日，学校官网显示，学校现有一级学科博士学位授权点42个，覆盖经济学、法学、文学、理学、工学、农学、医学、管理学等8个学科门类；一级学科硕士学位授权点57个，覆盖12个学科门类；博士专业学位授权点3个；硕士专业学位授权点23个；35个博士后流动站；1个国家重大科技基础设施，8个国家重点（级）实验室，1个国家级科研机构，5个国家工程研究中心，2个国家工程实验室，1个国家级研发中心，3个“2011”协同创新中心，17个教育部重点实验室，1个教育部国际合作联合实验室，4个国家级国际联合研究中心，2个示范型国际合作联合基地，5个卫生部重点实验室，1个农业部重点实验室，36个上海市重点实验室，6个教育部工程研究中心。

截至2020年2月12日，学校官网显示，学校有6个校区，占地面积300余万平方米；图书馆文献累积总量（不包括电子版）338万册，电子图书总量1113.2万册，电子期刊总量5.77万种，182.05万册；生均拥有文献（不含电子文献）59.51册，生均拥有文献（含电子文献）225册。本科生均图书流通量为13册次（总量为21.02万册）。全年共采购中外文图书5.36万种，5.83万册；中外文期刊2001种；新增数据库7个，总数达到428个。各类多媒体资源总量达16.5TB。馆际互借/文献传递全年总申请量为7999条，总完成量为7206件，总满足率90.1%。