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王一飞：1988.1.15-1997.7任上海第二医科大学校长；范关荣：1997.7-2003.12任上海第二医科大学校长；张杰：2006.11-2017.02任上海交通大学校长；林忠钦：2017.2.21-2020.02.12任上海交通大学校长。

上海第二医科大学是上海交通大学医学院的前身，地处上海市中心繁华地区。学由圣约翰大学医学院(1896-1952)、震旦大学医学院(1911-1952)、同德医学院(1918-1952)于1952年全国高等学校院系调整时合并而成。1952年9月，华东军政委员会卫生部根据中央教育部关于全国高等学校院系调整的决定，将上海圣约翰大学医学院、震旦大学医学院及同德医学院合并成立上海第二医学院。广慈医院（现瑞金医院）、仁济医院划为上海第二医学院附属医院。10月24日，举行上海第二医学院成立暨首届开学典礼。宫乃泉兼任院长，胡文耀、王乐三、倪葆春、杨士达任副院长。12月，中共中央华东局组织部批复同意成立中共上海第二医学院委员会，宫乃泉为党委第一书记，王乐三为第二书记。 1953年，广慈护校与仁济护校合并建成上海第二医学院附属护士学校。 1978年，市委任命兰锡纯为上海第二医学院院长。市计委批准建设宝钢医院计划，并明确宝钢医院为上海第二医学院教学医院。上海市儿科医学研究所成立，所长高镜朗、郭迪。学校开始招收三年制硕士研究生。 1979年，上海市内分泌研究所、上海市免疫研究所分别成立。市教卫办批复，同意撤销上海第二医学院卫校，校舍移交嘉定县，原该校药剂专业并入新华卫生学校。 1998年，上海消化外科研究所、上海人类基因组研究中心成立。嘉定卫校建制归并上海二医大卫校。 1999年，上海市小儿先天性心脏病研究所、上海第二医科大学小儿血液肿瘤研究中心及二医大与中科院上海生命科学研究院共建的“上海生命科学研究院健康科学中心”相继成立。瑞金医院与卢湾区中心医院、上海市政医院合作合并正式启动。 2000年，上海第二医科大学全科医学培训中心宣告成立举行揭牌仪式。这是上海市成立的第一家全科医学培训中心。上海第二医科大学与上海交通大学联合组建医学内植物工程联合研究所。 2001年，上海市精神卫生院中心与二医大实行强强联合，共建精神卫生临床医学院。上海第二医科大学发育生物学研究中心成立。二医护理专业由五年制改为四年制。 2002年，中法生命科学和基因研究中心、二医大公共卫生学院、二医大网络教育学院成立。由中科院上海生命科学研究院和二医大联合成立的“健康科学中心”举行揭牌仪式。 2003年，二医大护理学院及上海第二医科大学微创外科中心成立。 2005年，上海交通大学、上海第二医科大学正式合并。新的上海交通大学。

学院现有教职医护员工22253人，其中具有高级职称的在职人员2474名；中国科学院院士1人，中国工程院院士10人，国家“973”项目首席科学家4人（6项），长江学者计划特聘教授6人；长江学者计划讲座教授4人；获国家劳动人事部授予有突出贡献中青年科技专家称号的10人；国家“杰出专业技术人才”2人，国家杰出青年基金获得者16人，教育部“跨世纪人才计划”16人，卫生部“有突出贡献中青年专家”11人，享受国务院颁发的政府特殊津贴295人。1人获首届“上海市教育功臣”称号,3人获“上海市科技精英”称号。