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历史沿革：2004年由原南通医学院、南通工学院、南通师范学院三所公办本科院校合并组建而成。原南通医学院、南通工学院的前身分别是私立南通医学专门学校和南通纺织专门学校，由近代著名实业家、教育家张謇先生于1912年创办。南通医学院的前身是私立南通医学专门学校，1912年3月由清末状元张謇及其兄张詧创办，是我国最早创办的高等医学院校之一。1927年南通医学专门学校改为私立南通医科大学,1928年南通的农、纺、医三所大学合并为私立南通大学，继而成为南通大学医科。1930年11月私立南通大学改为南通学院。1937年下半年日本帝国主义扩大侵略战争,南通学院被迫停课。1938年8月南通学院迁至上海，农科、纺织科复课，医科与江苏省立医政学院合并建成国立江苏医学院。1946年，南通学院院本部迁返南通，同时恢复医科。1952年全国高等学校院系调整，南通学院医科改建为公立医学院,定名苏北医学院。1956年改名南通医学院，1957年南通医学院迁往苏州,改名苏州医学院，同时，在南通建立苏州医学院南通分部，1958年南通分部又改为南通医学院。1958年，南通医学院归属江苏省管理。1978年9月,隶属关系改由交通部和江苏省双重领导，以交通部领导为主的体制。2000年2月起，南通医学院由隶属交通部划转江苏省人民政府管理,实行中央与地方共建，以地方为主的管理体制。南通工学院的前身是南通纺织染传习所，创建于1912年4月。1913年9月更名为南通私立纺织专门学校，是我国第一所纺织高等院校。1927年改为南通纺织大学,1928年与医科、农科合并为私立南通大学，1930年为南通学院纺织科,1952年全国高等院校院系调整时，南通学院纺织科迁至上海并入华东纺织工学院。1977年12月经省人民政府同意复建，成立南京工学院南通分院，1979年1月经国务院批准改称南通工业专科学校，1980年7月省政府报经教育部批准，改名为南通纺织专科学校,1985年1月省人民政府报经国务院批准升格为南通纺织工学院，1995年9月经国家教委批准，更名为南通工学院。南通师范学院是由原南通师范专科学校和南通教育学院于1999年3月经国家教育部批准合并组建的本科高等院校。南通师范专科学校创建于1958年,1962年停办。1976年12月经省政府批准以“扬州师范学院南通分院”名称恢复办学，1979年2月经国务院批准,恢复“南通师专科学校”校名。南通教育学院前身是南通地区教师进修学院和南通市教师进修学院。南通地区教师进修学院于1959年经省教育厅批准成立，1963年停办。1982年3月经省政府同意，建立南通地区教师进修学院和南通市教师进修学院,1983年3月南通市委决定两院合并，建立新的南通市教师进修学院。同年7月，经省政府批准南通市教师进修学院定名为南通教育学院。

历任校长：
顾晓松：2004.6-2008.6任南通大学校长；袁银男：2008.6-2014.5；程纯：2014.5-2017.09任南通大学校长；施卫东：2017.09-20201.18任南通大学校长。

截至2020年1月18日，学校官网显示，学校现有教职工3152人，其中高级职称以上1549人，博士、硕士生导师1300余人。共有两院院士10人（含双聘院士9人），国家万人计划领军人才2人，国家“千人计划”专家2人，国家杰出青年科学基金获得者2人，国家优秀青年科学基金获得者1人，“百千万人才工程”国家级人选3人，中科院“百人计划”入选者2人，“973”项目首席科学家2人，国家重点研发计划项目首席科学家4人，奥运会冠军1人，江苏省“333”高层次人才第一层次1人，第二层次10人，江苏省特聘教授17人。

截至2020年1月18日，学校官网显示，学校设有20个学院、1个独立学院（杏林学院）、1家直属大型综合三级甲等医院（南通大学附属医院）和国际教育学院、继续教育学院。拥有基础医学、临床医学、信息与通信工程3个博士后流动站，基础医学、临床医学、信息与通信工程3个一级学科博士点，22个一级学科硕士点，10个硕士专业学位点。临床医学、神经科学与行为学、工程学、药理学与毒理学等4个学科进入ESI学科全球排名前1%。拥有江苏省高校优势学科2个、江苏省重点学科8个、江苏省临床医学重点专科26个。

截至2020年1月18日，学校官网显示，学校现有4个校区，占地面积3700余亩，建筑面积近100万平方米，纸质图书约280万册。办有学术期刊5种，其中《南通大学学报》（社会科学版）为CSSCI来源期刊、全国中文核心期刊。