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陈小虎：2000.10-2010.4任南京工程学院院长；孙玉坤:2010.4-2018.3任南京工程学院院长；史金飞：2018.10.15-2020.1.18任南京工程学院院长。 丁德劭：1983.06-1986.05任南京电力高等专科学校校长；姚伟文：1986.06-1992.11任南京电力高等专科学校校长；朱皑强：1992.11-2000.9任南京电力高等专科学校校长；冯轩：1983.9-1991.9任南京机械高等专科学校校长；马铭驰：1991.10-1996.07任南京机械高等专科学校校长；康乃真：1996.08-2000.09任南京机械高等专科学校校长。

南京工程学院南京工程学院是由两所原国家示范性高等工程专科重点建设学校-;-;南京机械高等专科学校（创建于1915年）和南京电力高等专科学校（创建于1946年）于2000年合并组建而成，2000年6月，南京机械高等专科学校与南京电力高等专科学校合并，组建南京工程学院。 2001年3月，原核工业部直属南京工业学校并入南京工程学院。 2003年，南京工程学院江宁大学城主校区开工建设。 2005年11月南京工程学院与南京艺术学院举行老校区置换协议签字仪式，从此南京工程学院石头城下时期结束。 2006年8月10日，江苏省省委党校正式接管南京工程学院东校区。 2010年6月，南京工程学院成为教育部第一批“卓越工程师教育培养计划”高校。 2011年10月，南京工程学院正式获批为培养硕士专业学位研究生试点单位，在机械工程、电气工程两个领域开展工程硕士招生录取工作。 2018年3月，入选教育部首批“新工科”研究与实践项目。 2019年7月，南京工程学院与华为技术有限公司签署校企框架合作协议。

截至2020年1月18日，学校官网显示，全校教职员工1800多人，其中专任教师1300多人，具有高级职务的教师占比48.9%。学校在职教师中有享受国务院政府特殊津贴专家5人，江苏省特聘教授1人，江苏省有突出贡献的中青年专家6人，南京市有突出贡献的中青年专家1人、江苏省教学名师4人，江苏省“333工程”、“青蓝工程”、“六大人才高峰”等116人次；获批省高校科技创新团队2个、“青蓝工程”科技创新团队2个、省高校优秀教学团队1个、“青蓝工程”优秀教学团队1个、省高校哲学社会科学优秀创新团队1个。

截至2020年1月18日，学校官网显示，学校现有80个本科专业及方向（含2个中外合作办学专业），其中，90%以上专业具有鲜明行业性，80%以上专业与“中国制造2025”的七大领域、江苏省十大战略性新兴产业高度吻合，30%以上专业是国家、省级重点或品牌特色专业。其中，建有3个国家级特色专业，9个省级特色专业，16个省级重点专业建设点;6个专业入选教育部首批“卓越计划”，两大类专业入选教育部CDIO教育模式改革试点，是国家机电控制类人才培养模式创新试验区，江苏省机械类人才培养模式创新实验基地。2010年以来，学校先后获5项国家级教学成果奖和江苏省教学成果特等奖。建成国家级和省级精品课程12门，国家精品教材4部，省精品或重点教材15部，校企合作出版教材82部，在全国同类高校名列前茅。

截至2020年1月18日，学校官网显示，学校现有18个教育教学单位以及继续教育学院和公有民办二级学院——康尼学院。学校占地面积近3000亩，各类建筑面积80多万平方米。学校固定资产总值24亿多元，教学仪器设备资产总值近4亿元，生均教学科研仪器设备1.2万多元，在全国高校中名列前茅。