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历史沿革：1934年江苏省立医政学院；1957年学校由镇江迁至南京，正式更名为南京医学院；1962年学校被列为全国首批改为六年制的医药院校之一；1970年南京医学院合并组建江苏新医学院；1972年扬州卫生学校并入江苏新医学院，并改建为江苏新医学院；1976年江苏省镇江地区卫生学校并入江苏新医学院，并改建为江苏新医学院；1978年江苏新医学院撤销；1978年江苏新医学院改建为南京中医学院，现发展为南京中医药大学；1978年江苏新医学院改建为南京医学院，现发展为南京医科大学；1978年江苏新医学院更名为南京医学院后发展成为扬州医学院；1978年江苏新医学院更名为南京医学院，后发展成为镇江医学院；1981年南京市第四人民医院并入南京医学院；1993年南京医学院更名为南京医科大学；2005年南京市雨花医院并入南京医科大学。

历任校长：
张振声：1988.8-1998.10 任南京医学院院长、南京医科大学校长；陈荣华：1998.10-2002.01任南京医科大学校长；陈琪：2002.1-2014.4任南京医科大学校长；沈洪兵：2014.06-2020.1.18任南京医科大学校长。

截至2020年1月18日，学校官网显示，学校设有19个学院（包含康达学院）。拥有27所附属医院和50多所教学医院。学校校本部现有在职教职工1800多人，其中学校编制专任教师945人。学校现有一级学科博士学位授权点8个（生物学、基础医学、临床医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、药学、医学技术、护理学）、二级学科博士学位授权点54个、3个交叉学科博士学位授权点（临床医学工程、人文医学、健康政策管理）；一级学科硕士学位授权点12个、二级学科硕士学位授权点67个；博士后科研流动站7个，学位授权点已覆盖医学、理学、工学、管理学、法学、教育学和文学等7个学科门类；拥有3个国家重点学科、1个国家重点培育学科、29个国家临床重点专科、6个江苏高校优势学科（三期）、2个江苏省一级学科重点学科、3个江苏省一级学科重点培育学科。在全国第四轮学科评估中，我校公共卫生与预防医学在全国54所参评高校中获评A+等级。临床医学、分子生物学与遗传学、生物学与生物化学、神经科学与行为学、药理学和毒理学、免疫学、社会科学总论、化学等8个学科进入ESI全球排名前1%，其中，临床医学学科进入ESI全球排名前1‰。

截至2020年1月18日，学校官网显示，有教授218人、副教授280人，有博士生导师715人、硕士生导师2312人。学校现有中国工程院院士2名，美国国家医学院外籍院士1名，“长江学者奖励计划”特聘教授3名、青年学者2名，国家“万人计划”百千万工程领军人才1人，国家“万人计划”科技创新领军人才3人，国家“万人计划”青年拔尖人才2人，国家百千万人才工程7人，国家杰出青年科学基金获得者10人，优秀青年基金获得者16人，国家级教学名师1人，全国优秀教师1人，江苏特聘教授32人，“国家级教学团队”3个，教育部“创新团队”1个。

截至2020年1月18日，学校官网显示，学校设有24个本科专业，1个九年本硕博一贯制专业方向、3个“5+3”本硕一体化专业方向。目前，在校生总数为1.9万多人，已形成从本科生、研究生到博士后，从全日制到成人教育、留学生教育全方位、多层次的教育体系。