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历史沿革：1960年1月，南京大学气象学院成立。建院时得到了中国首任气象局长的大力关怀，包括中央气象局的留洋专家等师资进入南京大学气象学院。1963年5月，南京大学气象学院分出，在南京江北龙王山下独立建校，更名为南京气象学院。南京大学地学类当时专业最强的气象学专业分出后也导致南京大学综合实力受到重创。1978年，被列为中国重点高校。1999年，北京气象学院并入南京气象学院，2003年4月成立北京分部。2000年2月，由中国气象局局属高校转为江苏省属高校。2004年5月，更名为南京信息工程大学。南京信息工程大学将1960年创立的南京大学气象学院作为学校办学起点，南京大学历史1930年就已拥有过气象专业。原南京大学衍生出来的很多高校，如东南大学、南京林业大学、南京农业大学等等，都已进行过了百年校庆，但南京高校历史变迁事实表明：他们只是拥有南京大学的一个学院或者一个系而已，大部分都是院系调整独立建校后的成果，却将南京大学的历史算进自己学校的历史。南京信息工程大学如果同理而推，也可以前推到南京大学气象专业开办时期。2012年，教育部、中国气象局、江苏省签署协议共建南京信息工程大学。2013年1月，教育部公布2012年学科评估结果，南京信息工程大学大气科学一级学科获得综合排名全国第一名。

历任校长：
张培昌：1983.11-1987.12任南京气象学院院长；朱乾根：1987.12-1992.02任南京气象学院院长；屠其璞：1992.02-1995.06任南京气象学院院长；孙照渤：1995.06-2006.02任南京气象学院院长；李廉水：2006.02-2014.05；蒋建清：2014.05-2017.06任南京信息工程大学校长；李北群：2017.06-2020.1.18任南京信息工程大学校长。

截至2020年1月18日，学校官网显示，学校拥有一支高水平的师资队伍，现有专任教师1700多人，包括中科院院士2人、海外院士11人、教育部长江特聘（讲座）教授3人、国家杰青项目获得者8人、国家特聘专家15人、万人计划领军人才3人、“973计划”和国家重点研发项目首席科学家12人、百千万人才工程4人、科技部创新领军人才2人、其他“四青”人才20人，以及省部级人才工程、教学名师等600多人次。

截至2020年1月18日，学校官网显示，拥有大气科学、环境科学与工程、信息与通信工程、管理科学与工程、数学、科学技术史6个一级学科博士学位授权点，22个一级学科硕士学位授权点、13个硕士专业学位授权点，68个本科专业分布于理、工、文、管、经、法、农、艺8个学科领域，设有博士后科研流动站。

截至2020年1月18日，学校官网显示，学校坐落于南京江北新区，校园占地面积约两千亩。现有全日制在校本科生3万余名、硕博研究生近4000名、留学生1600余名。