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1952年在辽宁鞍山创办的鞍山军医中学；
1961年1月改编为空军卫生学校，迁址吉林省长春市；
1975年5月组建为空军军医学校，迁址吉林省吉林市；
1986年10月更名为空军医学专科学校；
1993年6月更名为空军医学高等专科学校；
1999年5月更名为中国人民解放军第四军医大学吉林军医学院；
2004年8月学校整体移交吉林省，更名为吉林医药学院。
2013年，通过教育部本科教学工作合格评估。

现任领导：
郭勤：1980.7-1988.7-任空军医学专科学校校长；任空军军医学校校长；董树生：1988.7-1996.6-任空军医学高等专科学校；任空军医学专科学校校长；张国民：1996.6-2004.6-任中国人民解放军第四军医大学吉林军医学院院长；任空军医学高等专科学校校长；隋万林：2004.6-2014.12任吉林医药学院院长；蔡建辉：2014.12.23至今任吉林医药学院院长.

截至2020年1月10日，学校官网显示，学校现有19个党政机关、3个群团组织、14个教学单位、5个教辅单位、1个省级科技协同创新中心；2所附属医院（第一临床医学院附属四六五医院、第二临床医学院附属梅河口市中心医院）和3所非直属附属医院（附属吉林省吉林中西医结合医院、附属吉林市人民医院、附属吉林油田总医院），均为三级甲等医院；各类实习实训基地163家。现有全日制在校生9923人，其中临床医学专业留学生352人。近三年，毕业生初次就业率保持在85%以上。

截至2020年1月10日，学校官网显示，校本部教职工682人，专任教师455人（含聘用制），其中兼职博士研究生导师2人、硕士研究生导师45人，硕士及以上学位教师302人，高级职称200人。拥有新世纪百千万人才工程国家级人选1人、全国优秀科技工作者1人，享受国务院政府特殊津贴专家1人、教育部新世纪优秀人才支持计划人选1人、教育部高等学校教学指导委员会委员1人，现有吉林省人大代表1人、吉林省政协委员2人、长白山学者特聘教授１人，省拔尖创新人才7人（第一层次人选1人、第二层次人选1人）、省突出贡献中青年专业技术人才3人、省青年科技奖2人、省高校首批学科领军型教授1人，省教学名师5人、省教学新秀1人、省优秀教师1人。

截至2020年1月10日，学校官网显示，现开设20个本科专业，6个专科专业，分布于医、理、工、管4个学科门类。现有国家级特色专业1个、省高水平特色专业A类2个、省级特色专业4个、省级品牌专业建设点2个、省级人才培养模式创新实验区3个、省级黄大年式教师团队1个、省级优秀教学团队9个、首批国家虚拟仿真实验教学项目1个、教育部产学合作协同育人项目1项、省级实验教学示范中心4个（建设单位2个）、国家精品资源共享课1门、国家级精品课程１门、国家精品在线开放课程1门、省级精品课程16门、省级精品在线开放课程6门（A类4门、B类2门）、省级“学科育人示范课程”２项；获吉林省教学成果奖一等奖2项。