吉林林学院的前身在吉林林业学校,始建于1952年,校址在长春市何家屯。1953年10月,学校迁往吉林市江南,1958年3月,改名为吉林省林学院,1960年5月,更名为吉林林学院。1964年3月,吉林林学院改建为吉林林业工程学院。1972年吉林省林业技工学校、吉林省林业干部学校和吉林省林业学校三校合一,成立吉林省林业学校,校址在吉林市江南泰山路32号。1978年12月,经国务院、教育部批准,在吉林省林业学校的基础上,恢复和改建吉林林学院。至1999年,吉林林学院已成为全省的林业教育和科研中心,成为多学科、多层次共同发展的地方高等学校。1999年经教育部批准,由原吉林师范学院、吉林医学院、吉林林学院、吉林电气化高等专科学校合并组建而成。2012年12月,学校获批为卓越医生教育培养计划试点高校。2014年10月,学校获批为卓越农林人才教育培养计划试点高校。