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杨家齐：1983-1992.7任湖北医学院院长；张志善：1992.7-1993.6任湖北医学院院长；张志善：1993.6-1995.6；袁先厚：1995.6-2000.6任湖北医科大学校长；刘经南：2003.9-2008.11任武汉大学校长；顾海良：2008.11- 2010.12任武汉大学校长；李晓红：2010.12-任武汉大学校长。

湖北医科大学是现武汉大学医学部前身，在2000年8月2日，学校与武汉大学、武汉水利电力大学、武汉测绘科技大学合并组建新的武汉大学，并成为新成立的武汉大学医学部的主体。附属第一医院更名为武汉大学人民医院，并继续保留湖北省人民医院名称；附属第二医院更名为武汉大学中南医院；附属口腔医院更名为武汉大学口腔医院，并继续保留湖北省口腔医院名称。2001年1月，武汉大学推出学科重组方案，将原有的49个学院和直属系，调整为28个学院，分属于人文科学、社会科学、理学、工学部、信息科学和医学6个学部。采取院系为实体、学部为虚体的管理模式。2005年9月20日，为了促进学校在医学领域的各个学院、研究所和附属医院之间的协调合作，推动学校在医学领域的更快发展，武汉大学借鉴海内外部分著名医学名校经验，进一步加大对医学领域的支持力度，将医学部实体化，下辖8个学院和3个研究所，有3所附属医院。

截至2020年1月21日，学校官网显示，基础医学院下设八个学系，分别为人体解剖与组织胚胎学系、免疫学系、病原生物学系、药理学系、生物化学与分子生物学系、生理学系、病理学与病理生理学系、医学遗传学系。另设党政办公室、学生工作办公室。截至2020年1月21日，学校官网显示，基础医学院学院现有教职工184人，其中高级职称专业人员60多人，其中教授21人，博士生导师11人，包括国家有突出贡献的中青年专家和享受国务院政府特殊津贴的专家。目前本院承担着临床医学、口腔医学、护理学、医学检验学四个专业的五年制本科生，七年制本硕士连读生，成人教育专升本学生，以及硕士生、博士生的医学基础课教学任务和本科生的管理任务。学院承担着国家及省部级科研项目350余项，包括国家攻关项目，国家自然科学基金项目，省级攻关项目，近十年来，鉴定科研究成果60余项，其中20项达国际先进水平，40余项分获国家教育部，卫生部，省人民政府，市人民政府科技进步奖。1994年被评为省卫生系统先进集体。