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学院最早追溯于1935年创办的徽私立内思高级工校。1935年9月，由西班牙天主教耶稣会创设安徽私立内思高级工校。 1946年2月，更名为芜湖市私立内思工业职业学校。 1951年2月，芜湖市立高级职业学校（工科）并入学校，更名为皖南区芜湖工业学校。 1955年10月，更名为芜湖电力学校。 1958年8月，学校机械科分出与安徽行政学院合并成立安徽工业专科学校（后更名为安徽工学院）；支持建立合肥化工学校、淮南化工学校。 1959年3月，更名为芜湖电机制造学校。 1960年7月，更名为芜湖电机制造专科学校，招收工业企业电器装备专业专科1个班。 1961年8月，大专班并入安徽工学院，学校更名为芜湖电机制造学校。9月，合肥无线电学校、芜湖地区当涂化校1个班并入学校。 1969年3月，学校下放给芜湖市，隶属原芜湖市机械电子工业局领导。11月，学校改办为东方红电机厂，并附设电机制造学校。 1973年7月，东方红电机厂重新改为芜湖电机制造学校，隶属原安徽省机械厅领导。 1978年12月，经国务院批准升格为全日制普通本科高等学校，更名为安徽机电学院。 1986年，安徽机电学院迁至赭山东路。6月，安徽省人民政府决定在原址恢复芜湖机械学校（2003年6月，更名为安徽机电职业技术学院）。 [5] 1996年，安徽机电学院通过原国家教委本科教学合格评价。 2001年12月，更名为安徽工程科技学院。 2010年3月，更名为安徽工程大学。 [6] 2013年1月，入选国家级大学生创新创业训练计划项目。 [7] 2016年，获批安徽省系统推进全面创新改革试验高校创新自主权改革试点单位。 [3] 2018年3月，入选教育部首批新工科研究与实践项目。 [9] 2019年6月，学校获批为“第一届安徽省文明校园”。
截至2019年12月29日，学校官网显示，学校设有机械与汽车工程学院等13个二级学院和继续教育学院，开办有70个本科专业，涵盖工、理、文、管、经、法、艺等门类。学校共有12个学术学位一级学科硕士点、24个学术学位二级学科硕士点、硕士专业学位授权类别4个、硕士专业学位授权领域5个、安徽省重大建设学科1个、安徽省重点学科6个。学校共有教职工近1300人，其中专任教师1000余人。学校聘请一批包括中科院院士、工程院院士在内的学者担任兼职教授，引进“长江学者”等高层次人才担任学科领军人才，50余人被选拔为安徽省教学名师、安徽省学术和技术带头人、拔尖人才、高校中青年学科带头人等，拥有8个安徽省教学团队。

汪学骞：2001年12月至2006.7；干洪：2007.7-2010.3任安徽工程科技学院院长；2010.3-2013-08；刘宁：2013.8-2018.6；王绍武：2018年6月-现今任安徽工程大学副校长主持行政工作