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学校办学历史悠久。1958年建校，前身为中山医学院肇庆分院，后更名为广东省肇庆卫生学校。1994、2000年学校被国家教委、教育部授予重点中专学校称号。1993年、1999年与广东医学院、中山医科大学联合办学，分别设立广东医学院肇庆教学部和中山医科大学肇庆教学点。2004年5月经教育部批准升格为全日制普通高等专科学校，成为我省唯一一所独立设置的医学专科学校。50多年来，学校为国家输送了50000多名的医疗卫生技术人才，很多毕业生成为了行业的精英骨干。

梁琼芳：1995.6-2004.5任肇庆卫生学校校长；梁琼芳：2004.5-2013.5任肇庆医学高等专科学校校长；李力强：2013.5-2020.1.20任肇庆医学高等专科学校校长。

截至2020年1月20日，学校官网显示，学校现有教职工698人，其中专任教师557名，其中正高级职称64名，副高级职称177名，高级职称教师占教师总数的55%。硕士以上学位的教师占教师总数的56%。拥有国务院特殊津贴专家、广东省名中医、广东省医学领军人才等一批知名专家学者，师资队伍已达到本科院校办学标准。

截至2020年1月20日，学校官网显示，学校设有临床医学、护理、口腔医学、药学、中医学、助产、医学检验技术、医学影像技术、康复治疗技术、护理（涉外护理）、护理（高职）、医药营销、卫生检验与检疫技术、中药学、针灸推拿、口腔治疗技术、卫生财会统计、中医骨伤、预防医学等19个专业；其中临床医学、护理、助产、口腔医学、中医学、药学、医学检验技术7个专业为省重点专业。

截至2020年1月20日，学校官网显示，学校现有端州、鼎湖两个校区，有肇庆市第一人民医院等三所直属附属医院，占地面积512亩，建筑面积21万平方米。设有临床医学、护理等18个专业，其中7个专业为国家及省级重点专业，全日制专科生11000余人。