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学校前身为近代民主革命著名的政治活动家何香凝女士于1927年为纪念廖仲恺先生而创办的“仲恺农工学校”。廖仲恺牺牲后,何香凝为继承丈夫遗志,与詹似菊等8人提议于广州中山路旁划拨空地建设仲恺纪念公园,其内附设农工学校.此提案于1925年10月5日在中国国民党中央执行委员会第117次会议上获得通过,并成立了纪念廖仲恺先生筹备委员会。但由于在中山路旁征地受阻以及经费紧缺，仲恺纪念公园无法建成。何香凝据理力争，决心建立仲恺农工学校。新中国成立后，学校于1954年春更名为“广东省仲恺农业学校”，主要专业有农作物、养蚕、兽医、植物保护、土地规划、农机、经作等。办学规模得到空前扩大。1980年，学校被列为全国重点中专。1984年，经教育部、农牧渔业部批准，学校升格为本科院校，定名为“仲恺农业技术学院”，校名由国家副主席王震将军题写。1985年起招收专科生，1987年起开始招收本科生。2008年3月，经教育部批准，学校正式更名为“仲恺农业工程学院”。

刘筠谦：1991.5-1996.10任仲恺农业技术学院院长；卜妙金：1996.10-2003.3任仲恺农业技术学院院长；崔英德：2003.2-2005.4任仲恺农业技术学院代院长；任仲恺农业工程学院院长；崔英德：2005.4-2012.7任仲恺农业技术学院院长；骆少明：2012.7-2018.9.6任仲恺农业技术学院院长；程萍：2018.9.6-2020.1.20任仲恺农业工程学院院长

截至2020年1月20日，学校官网显示，学校现有高级专业技术职务专任教师450人，拥有硕士学位以上专任教师883人。现有国家十百千万人才工程第二层次人选1人，973首席科学家1人，珠江学者特聘教授1人，青年珠江学者2人，广东省教学名师3人，广东省高校“千百十工程”省级培养对象12人，广东省高校优秀青年教师15人，广州珠江科技新星5人，省级科技创新团队6个。学校图书馆藏书116.63万册，电子图书203.44万册，各种类型数字资源库39个。

截至2020年1月20日，学校官网显示，学校拥有省级重点学科4个，珠江学者设岗学科7个，省级重点实验室1个，省级科研平台36个，省级精品课程、精品资源共享课程27门。近年来，获国家自然科学基金项目33项，国家社会科学基金项目4项；获国家科技进步奖二等奖2项，广东省科学技术奖一等奖1项、二等奖3项，农业部、环保部科技奖各1项，广东省哲学社会科学优秀成果奖1项，广东省农业技术推广奖一等奖1项、二等奖8项；通过国家级品种审定2个，通过省级品种审定23个；获得授权专利420项；被SCI/EI/ISTP三大索引收录论文659篇，出版学术专著30多部。

截至2020年1月20日，学校官网显示，学校先后与英国利物浦大学、诺丁汉大学、布鲁内尔大学、布莱顿大学、爱丁堡龙比亚大学，美国夏威夷大学、威斯康星大学、圣道大学、密苏里大学，加拿大圭尔夫大学，澳洲中央昆士兰大学，新西兰林肯大学、梅西大学，日本创价大学，白俄罗斯国立工业大学，德国富克旺根艺术大学，意大利佛罗伦萨大学等建立了友好互访、人才培养及学术合作关系。