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王仲文：1992.6-2001.3；陈子真：2001.3-2015.10；毛明：2015.10至现在任北京电子科技学院院长.

学院始建于1992年，2008年，中南海业余大学撤销。 2011年1月19日，学院与西安电子科技大学签订了增补专业联合培养硕士学位研究生协议，联合培养学术性研究生学科在单一的密码学基础上增加通信与信息系统、计算机应用技术学科。10月17日通过了“服务国家特殊需求人才培养项目”试点工作审核，获准在“电子与通信工程”、“计算机技术”两个工程领域开展硕士专业学位研究生教育工作。 [9] 2012年，第一批入选国家级大学生创新创业训练计划高校。 [10] 2018年3月，学校入选教育部首批国家级新工科研究与实践项目。
北京电子科技学院的前身是中央工委青年训练班于1947年8月在河北省平山县西柏坡成立。近60年来，她经历了张家口军委工程学校、南京机校、北京机校、宣化机校和北京电子专科学校、北京电子科技学院6个时期。1981年经国务院批准成立北京电子专科学校，校址设在小汤山。1983年下半年迁至半壁店，并正式对外公开招收大专生。1992年经国家教委批准，在北京专科学校的基础上，建立北京电子科技学院，开始招收本科生，并增设函授教育。1993年，中央办公厅决定将中南海业余大学并入北京电子科技学院。1999年2月，学院迁至丰台新校园。

截至2019年12月30日，学校官网显示，学校有4个系和2个教学部：密码科学与技术系、网络空间安全系、电子与通信工程系、管理系、思想政治理论教学研究部和人文社会科学教学研究部。下设9个本科专业。

截至2019年12月30日，学校拥有1个一级学科学术型硕士授权点，1个专业学位硕士授权点（包括2个领域）；拥有与西安电子科技大学联合培养的3个二级学科学术型硕士点；拥有与中国科学技术大学、北京邮电大学联合培养的1个一级学科学术型博士点。

北京电子科技学院是一所为全国各级党政机关培养信息安全和办公自动化专门人才的普通高等院校。学院隶属于中共中央办公厅。学院的建设和发展有得天独厚的政治优势。
  学院设有5个系：信息安全系、电子信息工程系、计算机科学与技术系、通信工程系、行政管理系；2个部：人文社会科学教学部、基础学科教学部；7个本科专业：信息安全、信息与计算科学、电子信息工程、计算机科学与技术、通信工程、行政管理、信息管理与信息系统，1个联合培养研究生专业：密码学。学院面向全国招生，为提前录取院校。