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历史沿革：
学校创建于1956年，原名北京中医学院，是新中国最早成立的高等中医院校之一，
1993年更名为北京中医药大学，隶属于原卫生部。
1996年成为国家“211工程”建设高校，
2000年与北京针灸骨伤学院合并组成新的直属于教育部的北京中医药大学，
2011年成为国家“985工程优势学科创新平台”建设高校。
2015年4月，学校入选国家卓越医生（中医）教育培养计划改革试点高校。10月，北京中医药大学良乡校区揭牌。12月，学校成为创建世界一流中医药大学合作联盟创始成员。 2016年1月，北京中医药大学巴塞罗那分校成立。10月，龙岗区中医院挂牌成为北京中医药大学深圳医院、北京中医药大学第五临床医学院。12月，大连市政府、瓦房店市政府与与北京中医药大学共同签署北京中医药大学大连校区项目合作协议。 2017年9月，北京中医药大学入选国家首批“双一流”世界一流学科建设高校。 11月，北京中医药大学获全国第二批深化创新创业教育改革示范高校。 12月，厦门市中医院挂牌成为北京中医药大学第八临床医学院、北京中医药大学厦门医院。 2018年6月，房山区中医医院正式由北京中医药大学托管，成立北京中医药大学第六临床医学院，即北京中医药大学房山医院。 2019年12月，北京中医药大学等6所医学院校发起成立北京卓越医学人才培养高校联盟。 同月，北京中医药大学与华为技术有限公司签署战略合作框架协议。

历任校长：
王永炎：1983.12-1985.10任北京中医学院院长；
龙致贤：1995.8-1997.4；
王永炎：1997.4-1999.7；
郑守曾：1999.9-2007.12；
高思华：2008.1-2013.1.24；
徐安龙：2013.1.24至任北京中医药大学校长

截至2020年1月6日，学校官网显示，学校下设中医学院、中药学院、生命科学学院、针灸推拿学院、管理学院、护理学院、人文学院、国际学院、台港澳中医学部、继续教育学院、远程教育学院、国学院（中医文化研究院）、马克思主义学院和体育教学部14个教学单位，有8所直属附属医院，非直属附属医院8个，教学医院8个，设有12个本科专业，涵盖医学、理学、文学、管理学、法学5大学科门类。

截至2020年1月6日，学校官网显示，学校有教职工5120人，专任教师1570人，其中具有高级专业技术职务者占60.38%，具有硕士以上学位者占82.55%，有博士生导师335名；有“国医大师”6人，全国名中医3人，“首都国医名师”33人，“长江学者”特聘教授3人，“长江学者”青年学者1人，国家杰出青年科学基金获得者4人，优秀青年科学基金获得者3人，“973”项目首席科学家4人，“万人计划”科技创新领军人才5人，“万人计划”教学名师1人，第七届国务院学科评议组成员3人，百千万人才工程国家级人选7人，国家级有突出贡献中青年专家8人，中医药高等学校教学名师4人，享受政府特殊津贴专家131人，3个国家级教学团队，北京市优秀教学团队8个。

截至2020年1月6日，北京中医药大学是全国高等中医药院校中首批建立博士学科点和博士后科研流动站的单位之一，设有3个博士后科研流动站，3个一级学科博士学位授权，7个一级学科硕士学位授权，囊括42个二级学科博士学位授予点，有47个硕士学位授予点，5个专业学位类别，下设14个领域，包括9个博士学位授权点，14个硕士学位授权点；有一级学科国家重点学科2个，涵盖二级学科国家重点学科15个，国家中医药管理局重点学科48个，一级学科北京市重点学科2个，二级学科北京市重点学科8个。