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学校创建于1946年，其前身是“晋冀鲁豫军区白求恩国际和平医院总院”开办的护士学校，是在刘伯承、邓小平等老一辈革命家的关怀下，由延安中央医院院长何穆博士亲手创建，是中国共产党最早创建的医学院校之一。1948年改建为“白求恩国际和平医学专科学校”，1958年更名为“晋东南医学专科学校”，1986年升格为本科院校，更名为长治医学院。1996年通过本科教学工作合格评估；2004年通过本科教学工作水平评估。2011年被国务院学位委员会批准为临床医学硕士专业学位研究生培养试点单位。2012年在全国同类院校中率先通过教育部临床医学专业认证。2016年列入国家中西部高校基础能力建设工程。

现任学校领导：
郭云鹤 ：1984-1986.7任长治医学院校长；郭佩茹 ：1986.8-1987.5任长治医学院副校长主持工作； 郝思亲：1987.5-1990.6任长治医学院副校长主持工作； 郝思亲：1990.6-1992.8任长治医学院校长； 王敬弘：1992.8-1998.7 任长治医学院校长； 王庸晋：1998.7-2015.01任长治医学院校长；李华荣：2015.01-2015.09.30书记主持工作；郑建中:2015.09.30-2020.02.20任长治医学院院长。

截至2020年2月10日，学校官网显，学校现有在编职工4677人（校本部944人、附属和平医院2512人、附属和济医院1221人），专任教师791人，具有硕士学位教师1232人，具有博士学位教师155人，高级职称教师414人。本校临床医学硕士专业学位研究生导师252人，外聘兼职硕士研究生导师98名。内科学教学团队为国家级教学团队，药理学教学团队为省级优秀教学团队。

截至2020年2月10日，学校官网显示，设有19个教学院系（部），开设本科专业20个。学校拥有国家级特色专业建设点和山西省品牌专业2个，山西省特色专业4个，山西省优势特色专业2个；国家级精品资源共享课程1门，省级精品课程5门，省级精品资源共享课程4门；山西省高校首批重点实验室1个，山西省示范实验室7个，省级虚拟仿真实验中心1个。拥有直属三级甲等附属医院2所、非直属附属医院9所，实践教学基地100余个。

截至2020年2月10日，学校官网显示，发展至今，学校形成了医、工、文、理、教育、管理、艺术多学科相互渗透、协调发展的办学格局，构建了集研究生教育、本科教育、继续教育于一体的多层次人才培养体系。在校生11678人，其中硕士研究生238人、本科生9814人、成教学生1626人。现有校本部和五龙校区两个校区，占地718.93亩，建筑面积47.58万平方米，固定资产总值达到15.56亿元，其中教学科研仪器设备总值6.54亿元。