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上海海运学院历任院长：陈嘉震：1981.8-983.12上海海运学院院长；陈希群 ：1986.8-1991.12上海海运学院院长；沈康辰：1992.1-1999.5上海海运学院院长；王宏彪(兼,主持工作)：1999.5-2001.10； 於世成：2001.10-2004.5任上海海运学院院长 ：黄有方：2011.12.31-2020.02.12任上海海事大学校长。

在1958年，交通部决定在上海重建海运学院，在1959年9月5日学校正式开学，命名为上海海运学院。校址设于浦东大道1550号。1959年9月5日，学校正式开学，并命名为上海海运学院，为交通部所属，校址设于浦东大道1550号。 1961年9月，上海海运学院筹建工作初步完成，遂脱离上海海运局，由交通部直接领导，为交通部部属重点院校，党委由中共上海市委领导。建校初期设海洋船舶驾驶、轮机管理、船舶机械、港口机械等专业，并附设专业基本相同的中专部和一所普通中学。 1962年，交通部决定对所属院校进行专业调整，先后将上海海运学院海洋运输类专业调整到大连海运学院，将机械工程类专业调整到武汉水运工程学院，同时将该两校的管理和经济类专业调入上海海运学院。 1979年，开始招收研究生。 1981年，经国务院批准，学校成为中国首批获得硕士学位授予权的高校。 1986年7月，成立研究生部 1994年起，具有单独入学考试招收在职研究生的自主权。 1996年，开始与荷兰马斯特里赫特管理学院联合培养工商管理硕士（MBA），并获得外国留学生招生权。 1997年，成为全国56所工商管理硕士（MBA）研究生办学试点单位之一，并获得在职人员以同等学力申请硕士学位授予权。 1998年，经国务院学位委员批准，上海海运学院成为博士学位授予单位。 1999年，上海港湾学校划归上海海运学院（现上海海事大学）管理。 2000年，学校实行由交通部和上海市共建，以上海市管理为主的体制。 2004年，经教育部批准，上海海运学院更名为上海海事大学。同年11月19日，临港新城新校建设破土动工。

90年代初已发展至9个系28个专业）。研究生教育有航海技术、轮机工程、电力传动及其自动化、运输管理工程、运输经济、国际经济法（海商法）、工程机械、计算机应用翻译理论与实践等9个硕士学位授予点。该校设有函授教育，先后开设水运管理工程、水运财务会计、国际经济法、起重运输与工程机械等函授专科。并开办高层次的成人教育，主要培训高级船员、企业领导和各类经济管理与专业技术人员。