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历史沿革：
上海中医药大学是中华人民共和国诞生后国家首批建立的四所中医药高等院校之一。前身是创办于1916年的上海中医专科学校；
中华人民共和国建国后，1956年成立上海中医学院；
1993年，更名上海中医药大学。
1999年，学校入选第一批国家大学生文化素质教育基地。 2000年，原上海医学高等专科学校（成立于1985年）并入。 2001年起，上海中医药大学与上海交通大学开展中医学七年制、八年制学生联合培养工作。2002年，受教育部与国家中医药管理局委托，试点在49个（学校自定20个）非医学专业本科生中招收中医学专业硕博连读研究生工作。2003年，为实施上海市高校布局调整规划，学校整体搬迁至浦东张江高科技园区，成为“张江药谷”的重要组成部分。2007年，学校入选教育部、国家外国专家局联合实施的“高等学校学科创新引智计划”（“111计划”）。2010年，入选国家”特色重点学科项目“建设高校。 2013年5月，学校与虹口区政府签署合作共建协议。2014年8月，学校与闵行区人民政府签订闵行区中医药事业传承发展战略合作协议。2015年6月，学校与崇明县中医药事业发展战略合作签约仪式举行。 2016年1月，学校与浦东新区人民政府签订战略合作协议。3月，学校与杨浦区政府签署战略合作协议。 2017年9月，入选国家首批“双一流”世界一流学科建设高校名单。2018年6月，国际标准化组织技术管理局正式任命上海中医药大学中医药国际标准化研究所所长沈远东教授为国际标准化组织/中医药技术委员会（ISO/TC249）主席，标志着中国在中医药国际标准化领域取得的突破性进展；同月，首批入选上海高等学校一流本科建设引领计划。2019年6月，学校与上海交通大学医学院签署战略合作框架协议。学校在浦东新区人民政府和大学区校共建框架协议指导下，自2019年6月起，与浦东卫校共建上海中医药大学康复医学院惠南校区。

历任校长：
施杞：1992.06-1993.10任上海中医学院院长；施杞：1993.10-1998.11上海中医药大学校长；严世芸：1998.11-2005.2任上海中医药大学校长兼上海市中医药研究院院长；陈凯先：2005.3-2014.2任上海中医药大学校长；徐建光：2014.02-2020.02.12任上海中医药大学校长、上海市中医药研究院院长。

截至2020年2月12日，学校官网显，学校有中医学、中药学、中西医结合3个一级学科及中医1个专业学位类别（领域）博士学位授权点，中医学、中药学、中西医结合、科学技术史、医学技术5个一级学科及中医、中药学、护理、翻译、公共卫生5个专业学位类别（领域）硕士学位授权点，3个博士后流动站，博士学位授予专业覆盖全部中医药学科；有15个本、专科专业，除中医学、中药学、中西医临床本科专业外，还设有护理学、食品卫生与营养学、康复治疗学、药学、生物医学工程、预防医学等专业；有8个继续教育的本、专科专业；已与20个国家和地区的近50余家海外院校、医疗科研机构和国际组织建立了科研、教学、医疗等合作关系，建立了美国第一家中医孔子学院，设有两个中外合作办学项目，分别是中英合作药学、中英合作护理学项目。

截至2020年2月12日，学校官网显示，学校办医规模与医疗服务能力不断提升，有8家附属医院，基本覆盖了上海市所有三级中医、中西医结合医院。附属医院的总建筑面积约67万平方米，总床位数约6300张，每年服务来自世界各地患者约1700万人次。学校积极响应国家“一带一路”倡议，已在捷克、马耳他、摩洛哥、美国等国家设立海外中医中心，不断促进中医药国际化。