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上海海关学院前身为创建于1953年的上海海关学校；1980年5月，经国务院批准，升格为上海海关专科学校；1996年4月，原国家教委批准学院更名为上海海关高等专科学校；2007年3月，经教育部批准，设立上海海关学院，成为新设置的全日制普通高等学校，海关高等教育事业翻开了崭新的篇章。2012年12月，被国务院学位委员会正式批准为“服务国家特殊需求人才培养项目”--学士学位授予单位开展培养专业硕士学位研究生的试点工作单位。2018年5月，学校获批成为硕士学位授予单位，同时获批公共管理以及税务2个硕士专业学位授权点，同年海关管理专业成为世界海关组织PICARD标准认证专业。

于申：2002.6-2007.3.19任上海海关高等专科学校校长；2007.3.19-2009.6任上海海关学院院长；肖建国：2009.7-2016.8.30任上海海关学院院长；丛玉豪：2016.8.30-2020.02.12任上海海关学院院长。

截至2020年2月12日，学校官网显，学校现有专任教师151人，其中教授16人，副教授48人，具有高级专业技术职务教师的比例为42.4%。具有博士学位教师65人、硕士学位教师71人，具有研究生学历教师的比例为90.1%。师资队伍结构合理，教学科研水平较高。学校设有海关管理研究所和海关法、海关风险管理、关税、海关公共关系、报关等研究中心，紧密结合海关改革发展和双边、多边、区域海关国际合作中面临的热点、难点问题开展科学研究。2009年，学校获准设立上海市社会科学创新研究基地、上海发展战略研究所工作室。公开出版学术期刊《海关与经贸研究》。

截至2020年2月12日，学校官网显示，学校现设有海关与公共管理学院、海关与公共经济学院、工商管理与关务学院、海关法律系、海关外语系、公共教学部、马克思主义学院和检验检疫技术交流部（筹）等八个院（系）；设置了海关管理、行政管理、物流管理、审计学、国际商务、税收学、应用统计学、法学、英语等9个本科专业和公共管理硕士、税务硕士2个专业学位点，分属管理学、经济学、法学、文学等4个学科门类。

截至2020年2月12日，学校官网显示，学校位于上海市浦东新区，占地面积521亩。按照教育部普通高等学校设置标准，学校建有现代化的教学楼、图书馆和先进的ATM校园网，教室都具备多媒体授课的条件；并建有数码阅览室、视听室、文娱活动综合楼、网球场、游泳馆、体育馆等配套设施，为学生营造一个良好的学习和生活环境。