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牡丹江医学院创建于1958年，著名史学家郭沫若先生题写了校名。是黑龙江省东南部地区唯一一所省属全日制普通本科医药院校。1997年一次性通过原国家教委合格评估。2006年在国家本科教学水平评估中专家组给予了优秀的评价。2009年经国务院学位委员会批准为新增硕士学位立项建设单位。2013年通过硕士学位立项建设单位整体验收。学校图书馆馆藏文献150万册，校园网“千兆（1Gbps）为主干，百兆到桌面”，运行3个校级网络应用系统（教务、网络教学、办公网）、1个学校门户网站和42个二级网站，教研室、实验室、教室终端与学校网络中心宽带互连，实现了资源共享。学校与俄罗斯太平洋国立医科大学、美国田纳西大学、韩国建阳大学、新西兰奥克兰大学、新西兰怀卡托理工学院、英国贝德福德大学、菲律宾法蒂玛大学等国外院校建立了交流与合作关系。

牡丹江医学院历任主校长：金学东：2003.6.12-2010.12任牡丹江医学院院长。冯克俭：2010.12-2016.6.28任牡丹江医学院院长；朱晓峰：2016.6.28-2020.1.22任牡丹江医学院院长.

截至2020年1月22日，学校官网显示，学校共有教职工2460人，其中具有高级职称人员723人、具有硕士以上学位人员762人；博士生导师、硕士生导师187人，拥有龙江学者特聘教授、国务院及省政府特殊津贴获得者、省级教学名师、省优秀中青年专家和省卫生系统有突出贡献的中青年专家24人，省领军人才梯队1个，省级教学团队2个；100多名教师担任国家级学会理事、省级学会副理事长等学术职务。

截至2020年1月22日，学校官网显示，学校开设10个学院、20个本科专业，涵盖医学、理学、工学和管理学4个学科门类，拥有红旗医院、第二医院2个附属医院。学校拥有学术学位一级学科硕士点4个、省级重点学科4个、省级重点培育学科2个。

截至2020年1月22日，学校官网显示，校拥有国家级一类特色专业1个、省级一类特色专业1个、省级人才培养模式创新实验区1个、省级重点专业4个、省级精品资源共享课程6门、省级实验教学示范中心3个。校拥有2个省级重点实验室、2个省级高校重点实验室、1个省级博士后创新创业实践基地、1个省高校科技创新团队、1个省级教育科学研究团队，依托学校建有黑龙江省生物医药技术服务平台、黑龙江省博士后创新创业实践基地、黑龙江省高校校企共建工程技术研发中心和牡丹江市北药开发实验基地等科研平台。