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冯捷：1980.2-1983.6任哈尔滨船舶工程学院院长；邓三瑞：1983.6-1987.6任哈尔滨船舶工程学院院长； 吴德铭：1988.10-1994.5任哈尔滨船舶工程学院院长；1994.5-1997.12任哈尔滨工程大学校长；邱长华：1997.12-2004.6任哈尔滨工程大学校长；刘志刚：2004.6-2015.04；姚郁：2015.4至现今任哈尔滨工程大学校长。

哈尔滨船舶工程学院现为哈尔滨工程大学。哈尔滨工程大学坐落于美丽的松花江畔-;-;北国冰城哈尔滨市，学校现隶属于工业和信息化部，是首批入选国家“211工程”建设和设有研究生院的全国重点大学，是我国“三海一核”(船舶工业、海军装备、海洋开发、核能应用)领域重要的人才培养和科学研究基地。前身是创建于1953年的中国人民解放军军事工程学院（“哈军工”）。在1970年，在哈军工原址，以海军工程系全建制及其它各系(部)部分干部教师为基础，组建哈尔滨船舶工程学院。在1978年，学校被国务院确定为全国重点大学1982年，成为首批具有博士、硕士学位授予权的单位 1994年，更名为哈尔滨工程大学。在1996年，进入首批“211工程”建设高校行列2002年，由教育部批准设立研究生院。在2007年，由国防科工委、教育部、黑龙江省政府、海军四方共建。学校现隶属于工业和信息化部。.

截至2020年1月20日，学校官网显示，学校设有研究生院，现有博士后科研流动站9个，博士后科研工作站1个，一级博士学位授权学科6个，二级博士学位授权学科25个，硕士学位授权学科93个(含MBA)，工程硕士授权工程领域18个，高校教师在职攻读硕士学位招生专业15个，本科专业50个，是国家首批有权授予博士、硕士学位的单位。学校现有国家级重点学科3个，国防重点学科7个，省部级重点学科24个，国家级重点实验室2个，国家级电工电子教学基地1个，省部级重点实验室6个，各类专业和基础实验室共计47个。截至2020年1月20日，学校官网显示，学校现有教职工2600多人，其中中国工程院院士5人，博士生导师192人，教授、副教授近900人，国家及省部级有突出贡献的中青年专家36人。学校现有各类在校学生25000多人，其中研究生6500多人。