湖北省农业干部学校始于1958年,1978年湖北省水利水产学校(水产部分)改建为湖北省水产学校,2000年湖北省水产学校更名湖北省科技生物学校,2002年湖北省科技生物学校、湖北省农业干部学校、湖北省林业学校合并升格为湖北生物生态职业技术学院,2004年湖北生物生态职业技术学院(原湖北省科技生物学校与湖北省农业干部学校部分)改建为湖北生物科技职业学院,2004年湖北生物生态职业技术学院(原湖北省林业学校部分)改建为湖北生态工程职业技术学院。
2016年8月,入选第二批国家现代学徒制试点单位。 2019年10月,通过教育部现代学徒制第二批试点单位验收。
截至2020年1月21日,学校官网显示,现有教师457人,其中享受国务院津贴专家6人,享受湖北省政府津贴专家4人,有突出贡献的优秀中青年专家2人,博士7人,硕士113人,注册会计师8人,教授、副教授105人,双师素质教师占75%。近几年,学院获得省级科技进步奖二项,教师公开出版各类专著、教材231部,在省级以上各类刊物发表学术论文2100多篇。
截至2020年1月21日,学校官网显示,学院有生物工程学院(生物工程系)、经济管理学院(管理科学系)、信息传媒学院(计算机系)、园艺园林学院(园艺系)、动物科技学院、食品科技学院(动物科学系)和基础课部(思政课部)、中国湖北农业官员培训中心(国际援外培训部)。在校生8000多人,开设有生物制药技术、水产养殖技术、园艺技术、电子商务等38个专业。
截至2020年1月21日,学校官网显示,学院占地面积351亩。教学建筑面积263000平方米,实验仪器设备总值12000万元,图书馆藏书83万册,每年订阅报刊杂志2000余种;现有校内各类专业实验实训室83个,建有稳定的校外实训基地126个(湖北省人民政府认定的大学生实训基地1个)。