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福建医科大学是福建省重点建设高校之一，其前身是创办于1937年的福建省立医学专科学校。1939年改名为福建省立医学院。1949年改称福建医学院。1969年，与福建中医学院、华侨大学医疗系合并，成立福建医科大学。1982年更名为福建医学院。1996年4月更名为福建医科大学。相应的附属医院亦更名。 2003年，福建省人民政府确定为重点建设高校；同年以良好的成绩通过了教育部本科教学工作水平评估。 2011年起，筹建“福建医科大学附属第三医院”（2019年1月29日对外试运营）。 2012年11月，入选教育部卫生部第一批卓越医生教育培养计划项目试点高校。 2013年1月，入选国家级大学生创新创业训练计划项目实施学校。 2018年3月，入选福建省一流学科建设高校。 2019年7月，入选福建省一流大学建设高校。

福建省立医学专科学校校长：候宗濂(1937.6－1939) 福建省立医学院院长：候宗濂(1939~1943.2)李鼎勋(1943.2~1946.7)刘建绪(1946.7～1946.11)黄震亚(1946.11～1949.8)福建医学院院长：黄震亚(1949.8～1954.7)黄开云(1954.7～1957.7)浦敬诠(1957.7～1965.10)福建医科大学校长：浦敬诠(1978.10～1983.12)福建医学院院长：邹宁生：1983.12-1986.9任福建医学院院长；殷凤峙：1986.9-1992.7任福建医学院院长；康仲涵：1993.9-1997.8；陈丽英：1997.8-2002.9任福建医科大学校长；陈元仲：2002.09-2018.10.18任福建医科大学校长；陈晓春：2018.11.06-2020.1.28任福建医科大学校长。

截至2020年1月29日，学校官网显示，现有专任教师1574名，其中具有博士学位教师占42.31%，教授491人，副教授578人。入选“万人计划”、“新世纪百千万人才工程”国家级人选、国家/卫生部有突出贡献中青年专家、教育部新世纪优秀人才支持计划人选、教育部骨干教师等国家级高层次人才36人次，“南丁格尔”奖章获得者2人，历年享受国务院特殊津贴专家120人，国家级教学团队和全国高校黄大年式教师团队2个；福建省“百人计划”、福建省“外专百人计划”人选等省级高层次人才297人次。

截至2020年1月29日，学校官网显示，现有临床医学、基础医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、药学、护理学等博士学位授权一级学科6个（涵盖目录内或自设二级学科43个），临床医学、口腔医学等博士专业学位授权点2个；硕士学位授权一级学科8个，硕士专业学位授权点6个。现有临床医学和基础医学2个博士后科研流动站，4个博士后工作站，3个院士工作站。我校博士点总数位居全国独立设置医学院校（含军队院校）第8名。

截至2020年1月29日，学校官网显示，学校现有上街、台江2个校区，规划占地约1500亩。设有21个学院（部），27个本科专业，其中国家级特色专业4个。现有教职医护员工11400多人（含附属医院），在校全日制学生16000多人。与海内外120多所高校和科研院校开展了多层次、多角度的交流合作。