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北京交通大学的前身是19世纪未清政府邮传部创办的铁路管理传习所。1921年，其与上海、唐山两所工业专门学校合并，定名“交通大学”，下设京、沪、唐三校，学校被称为“交通大学北京学校”。1949年7月，中国人民革命军事委员会铁道部令国立交通大学北平学校改为“中国交通大学”，毛泽东主席任命桥梁专家茅以升为校长。1950年，中央人民政府政务院令中国交通大学更名为“北方交通大学”。。1981年北方交通大学被批准为全国首批博士、硕士学位授予单位，相继被批准可自行审定副教授、教授及博士生导师任职资格。1994年7月北方交通大学通过铁道部预审，成为首批进入“211工程”建设的高校之一。 2000年4月原北京电力高等专科学校并入，学校由铁道部划归教育部管理。2003年9月，更名为“北京交通大学”。2013年4月，北京交通大学牵头的“2011计划”“轨道交通安全协同创新中心”通过教育部认定，成为国家首批认定的14个协同创新中心之一。2016年5月，学校入选科技部“创新人才培养示范基地”。 [17] 2017年9月，学校入选国家“双一流“世界一流学科建设高校名单。同年，学校正式加入国际铁路合作组织（OSJD）和中国-中东欧高校联合会。 [18-19] 2018年1月，学校入选教育部首批国家级新工科研究与实践项目。 [20] 2019年7月，教育部、交通运输部联合印发关于共建北京交通大学的意见，标志着学校获交通运输部共建支持 [21] 。9月，学校成为中国人工智能教育联席会创始成员和理事单位。

北京铁道学院：
王孝慈（院长兼院党委书记）1953年7月-1958年12月
北方交通大学：
王见新（党委书记、校长):1978年-1983年
张树京：1983.6-1988.4；
万明坤:1988.6-1994.12；王金华:1994.12-1998.12；
谈振辉：1998.12至2008.3任北方交通大学校长；
宁滨：2008.3-2019.5；
王稼琼：2019.5至现今任北京交通大学校长。