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学校于1956年建校；1981年经安徽省人民政府批准为独立设置的成人高校阜阳教育学院；1956年，阜阳职业技术学院建校。 1980年，安徽师范大学阜阳分校（专科班）更名为安徽师范大学（阜阳专科学校）。 1981年，安徽师范大学(阜阳专科学校)改建为阜阳地区中学。 1998年，开始举办高等职业教育，是安徽省起步较早的两所高职院校之一。 1999年，阜阳教育学院、阜阳市农业科学研究所、阜阳卫生学校合并组建阜阳职业技术学院（筹建）。 2001年6月，更名为阜阳职业技术学院。 2008年，被授予安徽省首批6所省级示范性职业技术学院之一。 2009年，阜阳建筑学校并入。 2010年，列入国家百所骨干高职院校建设单位。 2013年9月，阜阳卫生学校并入。

邹斌：2005.6-2013.8-2020.1.20任阜阳职业技术学院院长.

截至2020年1月20日，学校官网显示，现有全日制在校生15000人，教职工560人，附属医院1所。专任教师具有中高级职称的占72%，具有硕士研究生学位的占49.5%，教授（主任医师）21人，博士4人。10个省级教学团队，1名全国优秀教师，13名省级专业带头人，6名省级教学名师，10名省级教坛新秀，1名安徽省战略性新兴产业技术领军人才。学校围绕企业开展科研服务，获批专利68项。

截至2020年1月20日，学校官网显示，学校设有工程科技学院、医学护理学院、建筑工程系、人文社科系、生化工程系、经济贸易系、基础教学部、中专部等8个教学单位。招生专业33个，覆盖装备制造、财经商贸、电子信息、土木建筑、医药卫生、食品药品、教育与文化艺术等专业大类，其中中央财政支持重点建设专业6个，省级特色、骨干及综合改革试点专业26个。是安徽省唯一一所火箭军士官定向培养基地。学校开设阜阳江汽重卡班、昊源机电班等订单班，为区域经济社会发展和企业升级改造提供智力支持。

截至2020年1月20日，学校官网显示， 学校新老校区占地面积近1600亩（现有老校区、卫校校区及占地1100亩的在建新校区），现有教学仪器设备总值1.2亿元，建成135个校内专业实训室和实习车间。