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历史沿革
1951年秋，经中共云南省委和省人民委员会批准，由昆明市卫生局举办昆明中医进修班，此为昆明中医学院的前身
昆明中医进修学校
1953年3月，昆明中医进修班发展为昆明中医进修学校，学校仅有学生89人。
1955年3月，划归省卫生厅领导。
1957年1月，学校在昆明中医进修班的基础上增设了；中医师资班、针灸师资训练班、中药调剂班、麻风防治干部训练班和卫生干部文化班。
1958年7月10日，昆明进修学校发展为云南省中医学校，在校生总数达630人。。
1960年2月召开云南省卫生工作会议，会议经过认真研究，决定在云南省卫生学校的基础上组建云南中医学院，并正式报请中共云南省委员会审定。
1960年4月，省委根据卫生厅报告作出决定：在云南省卫生学校的基础上成立云南中医学院
1960年5月4日，启用云南中医学院印章。9月1日，学院举行建校后第一次开学典礼。
2005年，经上级批准，学校在呈贡新城雨花片区征地823.5亩进行校区建设。2008年9月10日，云南中医学院呈贡校区一期工程建成并投入使用，首批1750余名师生正式入驻新校区。 2009年3月1日，学院院本部全日制本专科生、研究生和留学生3000余人及教职员工近600余人正式入驻呈贡新校区。 2016年7月，云南省人民政府与国家中医药管理局在昆明签署共建云南中医学院协议。 2017年7月，国家汉办批准学校为“孔子学院总部国际（西学）中医文化推广研究基地”。8月2日，宜良县政府与云南中医学院、昆明发展投资集团有限公司签订《云南中医康养特色小镇项目战略合作框架协议》，三方共同合作建设云南中医学院宜良校区项目。 2018年12月11日，云南中医学院发文确认，该校正式更名为“云南中医药大学”。

历任校长：
戴慧芬：（1982.4至1987.2任云南中医学院院长）；
宣明盛：（1987.3至1991.3任云南中医学院院长）；
肖瑞崇：（1991.9至1995.5任云南中医学院院长）；
陈恩科：（1996.05至2000.10 任云南中医学院代院长）；
李庆生：（2000.10至2010.4任云南中医学院院长）；
李玛琳：2010.5-2016.03.03任云南中医学院院长；熊磊：2016.03.06-2020.02.08任云南中医药大学校长。

截至2020年2月8日，学校官网显，学校本部有教职工741人,学历、学缘、职称结构合理。有博士研究生导师17人，享受国务院政府特殊津贴专家7人，首届全国名中医1人，国家卫计委突出贡献中青年专家1人，全国中医药高校教学名师1人，省级教学名师8人；云南省千人计划云岭青年人才1人；云南省万人计划云岭学者1人、名医专项10人，产业技术领军人才1人、文化名家1人、青年拔尖人才9人；云南省突出贡献优秀专业技术人才12人、教学名师9人；

截至2020年2月8日，学校官网显示，学院有11个二级学院、1个公共课教学部。有17个国家中医药管理局重点学科、14个省级重点学科，1个中医学一级学科博士学位授权点，4个一级学科（涵盖28个二级学科）硕士点，4个专业硕士学位点。有27个本科专业，其中，2个国家级特色专业、1个国家级综合改革试点专业，3个省级综合改革试点专业，5个省级特色专业，2个云南八大重点产业引领品牌专业，200余项省级及以上教学质量工程项目。

截至2020年2月8日，学校官网显示，有实践教学基地140余个，其中，直属附属医院2所，非直属附属医院14所。现有纸本藏书980596册，纸质期刊384种，馆藏线装古籍图书1.8万册，电子资源总量61.78TB，拥有中外文数据库51个，电子图书323万册（镜像42万册，远程使用103万册），是国家教育信息化试点单位。