2001年6月,经云南省教育厅批准,昆明医学院海源学院创办。 2004年,学校通过国家教育部首批审核确认位“独立学院”。 2009年9月,昆明医学院海源学院公卫系成立。 2010年7月1日,昆明医学院海源学院正式启用校名字体、校徽、校训、校旗。9月,经学院党委、行政决定成立海源学院人文社会科学部。 2011年9月,学院将教学部更名为教务部,杨林校区投入使用。 [7-8] 2012年,昆明医学院更名为昆明医科大学,昆明医学院海源学院更名为昆明医科大学海源学院。 2013年8月,昆明医科大学、昆明富达发展实业集团举行联合办学协议修定签字仪式。 2014年3月,学校临床二系被评为2013年云南省高校辅导员工作精品项目优秀奖。
截至2020年1月19日,学校官网显示,学校有教职工人数752人,其中专任教师532人,生师比为15.9:1。硕士以上学历的专任教师268人(其中,硕士245人,博士23人),占专任教师总数的51.4%。具有副教授以上专业技术职务的教师为249人,占专任教师总数的48.2%。有云南省高等学校名师工作室1个,云南省教学名师3名,云南省教学团队1个。
截至2020年1月19日,学校官网显示,学院现设有临床医学、口腔医学、护理学、药学、医学影像学、医学检验、康复治疗学、公共事业管理(卫生事业管理方向)、劳动与社会保障(医疗保险方向)、信息管理与信息系统(计算机技术医药卫生应用方向)、环境科学(环境医学方向)、英语(医药卫生方向)等22个本科专业及专业方向,涵盖医、理、文、管等多个学科。临床医学专业、护理学专业为省级特色专业,是具备良好教学环境和条件的现代高等学校,面向全国31个省、区、市招生,目前本科全日制在校生近10000余人。
截至2020年1月19日,学校官网显示,杨林校区坐落于规划现代的嵩明职教园区,建筑物更加新颖漂亮,功能更加齐全,将成为海源学院的主校区,位于昆明市嵩明云南省职教园区, 一期工程占地627.45亩,建筑面积17万余平方米,总投资4亿多元,2011年9月已投入使用。