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新疆医学院历任院长：阿曼吐尔?巴伊扎克夫：1978.3-1983.5任新疆医学院院长；张家麟：1983.9-1991.10任新疆医学院院长；沙比提?伊斯拉木：1991.10-1998.6任新疆医学院院长；哈木拉提·吾甫尔：2008.4-2017.03任新疆医科大学校长； 凯赛尔·阿不都克热木：2017.03-2020.02.18任新疆医科大学校长。

新疆医学院学校的前身“新疆医学院”被正式纳入国家“一五”计划156个重点项目之中。学校始建于1954年，1956年7月建成招生。1956年10月15日，首届233名临床医学本科生举行开学典礼。来自上海医学院、北京医学院、中国医科大学、山东医学院等内地十余所兄弟院校的医疗专家、教学骨干组成了新疆医学院首批教学团队。1998年6月，新疆医学院与新疆中医学院合并成立新疆医科大学，时任中共中央总书记江泽民题写了校名。

截至2020年2月18日，学校官网显，学校有教职工16175人，校本部教职工1550人。专任教师902名，临床教师1212人。全校教授226人，副教授685人。6人入选国家“新世纪百千万人才工程国家级人选”，4人获新世纪优秀人才支持计划，58位专家享受政府特殊津贴，5人获卫生部有突出贡献中青年专家，1人获国家杰出青年基金奖，1名国家级教学名师，2人获国家何梁何利基金奖，37人获得自治区突出贡献优秀专家称号，15名自治区级教学名师，2009年、2010年连续获得2项国家科技进步奖二等奖。

截至2020年2月18日，学校官网显示，学校设有14个学院（中医学院、基础医学院、药学院、护理学院、医学工程技术学院、公共卫生学院、语言文化学院、口腔医学院、维吾尔医学院、临床医学院、研究生学院、继续教育学院、国际教育学院、高等职业技术学院、厚博学院），2个教学部（人文社会科学部、体育教学部）。还有6所附属医疗机构及新疆自治区人民医院、兰州军区乌鲁木齐总医院和乌鲁木齐市友谊医院等9所医疗机构为学校临床教学医院。学校共开设23个本科专业，22个专科专业。