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石河子大学建校最早的原石河子医学院前身诞生于1949年9月中国人民解放军解放新疆的进军途中。1996年4月，学校由农业部部属的石河子农学院、石河子医学院、兵团师范专科学校和兵团经济专科学校合并组建。2004年5月，教育部与新疆生产建设兵团决定共建石河子大学。2005年4月，石河子大学化学工程与技术等11个学科纳入教育部“援疆学科建设计划”，接受天津大学、浙江大学、华中科技大学、四川农业大学、西北农林科技大学的支援。6月，新疆军区与石河子大学签署依托培养协议，学校开始为部队培养后备军官。2006年，入选国家大学生文化素质教育基地。 2008年12月，学校进入国家“211工程”重点建设高校行列。同年，增列华东理工大学对口支援石河子大学。2010年4月，被教育部评为“全国毕业生就业典型经验高校”。2012年，学校入选国家中西部高校综合实力提升工程、中西部高校基础能力建设工程重点建设高校行列。3月，石河子大学马克思主义学院成立。11月，学校入选教育部卓越医生教育培养计划。 2013年11月，学校入选第三批教育部卓越工程师教育培养计划。2014年9月，学校入选教育部第一批卓越农林人才教育培养计划。2016年，学校成为国家“一省一校”重点建设高校。2017年9月，学校入选国家“双一流”世界一流学科建设高校名单。2018年3月，学校入选“部省合作共建高校”，纳入教育部直属高校序列。9月13日，石河子大学医学院（塔里木大学）分院揭牌仪式在塔里木大学举行。

　石河子大学历任校长：
陈家瑜：1988.09-1994.03任石河子医学院院长；魏国治：1988.9-1993.10任石河子农学院院长；郑国瑛：1993.10-1996.6任石河子农学院院长；黎英：1988.6-1993.10任兵团经济专科学校校长；林洪川：1994.5-1996.6任兵团经济专科学校校长；戴本颢：1988.6-1993.12任兵团教育学院院长；忻礼康：1994.1-1996.6任兵团教育学院院长；郑国瑛：1996.6-2000.10任石河子大学校长；任向本春：2000.10-2017.03.28任石河子大学校长；代斌：2017.03.28-2020.02.18任石子河大学校长。

截至2020年2月18日，学校官网显，学校现有教职工2650人，专任教师1877人，中国工程院院士1人，教育部“长江学者奖励计划”特聘教授2人、青年学者1人，国家“973计划”项目首席科学家2人，教授281人、副教授656人。拥有教育部创新团队2个，黄大年式教师团队1个，入选教育部“新世纪优秀人才支持计划”10人，省部级以上专家人才73人。

截至2020年2月18日，学校官网显示，学校现有经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、农学、医学、管理学、艺术学11大学科门类。学校有92个本科专业，8个一级学科博士学位授权点、26个一级学科硕士学位授权点、20种硕士专业学位授权类别、4个博士后科研流动站、2个博士后科研工作站。现有国家一流建设学科1个、国家重点学科1个、国家重点培育学科1个、自治区重点学科10个。有国家级教学团队3个、国家级教学名师2人、国家级精品课程4门、双语教学示范课程1门、精品视频公开课3门、精品资源共享课2门、国家级特色专业建设项目5个、实验教学示范中心1个。学校是教育部卓越（医生、工程师、农林人才）教育培养计划项目试点高校，设有6个卓越人才培养计划项目试点专业。学校还设有国家大学生文化素质教育基地、校外实践教育基地。

截至2020年2月18日，学校官网显，学校拥有良好的教学、科研条件。校园面积179.4万平方米，校舍面积126.1万平方米，实验室、实习场所面积26.97万平方米，绿化覆盖率41％。拥有设施完善的图书馆、体育馆、游泳馆、田径馆、标准体育场、会堂、综合教学楼、博物馆等一批标志性建筑，有附属医院4个。学校2011年被评为“全国文明单位”。