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学校始建于1954年，初名黑龙江省中医进修学校，后几易其名，1959年定名为黑龙江中医学院，1996年经国家教育部批准更名为黑龙江中医药大学。经过近六十年的建设与发展，学校已成为具有较高教学、科研、医疗水平的著名中医药高等学府， 2004年以全A的成绩获得教育部本科教学工作水平评估优秀结论，是黑龙江省重点大学之一，也是黑龙江省中医药教育、医疗、科技及北药开发工作的中心。2007年全国首家通过教育部本科中医学专业认证单位，2008年被确定为国家中医临床研究基地建设单位，2009年晋升全国精神文明建设工作先进单位。

吴堤:1981-1983任黑龙江中医学院院长;李德恩:1983-1985任黑龙江中医学院院长；栗德林:1985-1999任黑龙江中医学院院长；曹洪欣:1999-2003任黑龙江中医药大学校长；匡海学：2003.6-2015.12任黑龙江中医药大学校长；孙忠人：2015.12-2020.1.22任黑龙江中医药大学校长。

截至2020年1月22日，学校官网显示，学校现有教职工3820人（校本部869人）。其中具有教授、副教授职称的专任教师626人，博士生导师113人，硕士生导师478人，享受国务院及省政府特殊津贴86人，国医大师1人，国务院学位委员会学科评议组成员2人，教育部高等学校教学指导委员会委员7人，国家级有突出贡献中青年专家5人，百千万人才工程国家级人选6人，全国先进工作者2人，全国优秀科技工作者2人，国家级教学名师3人，全国模范教师1人，全国优秀教师6人，全国中医药高等学校教学名师2人，全国巾帼建功标兵1人，长江学者讲座教授1人，岐黄学者3人,龙江科技英才2人，龙江学者17人。

截至2020年1月22日，学校官网显示，学校下设11个学院、12个附属医院（3个直属）、1个中医药研究院、27个教学医院和70个实习基地。设有24个本科专业，涵盖医、理、文、工、管、法等6个学科门类。

截至2020年1月22日，学校官网显示，学校有国家重点学科4个、国家中医药管理局重点学科21个、省级重点学科11个、省领军人才梯队18个；有国家级教学团队3个、省级教学团队5个；有国家精品课程8门、国家精品资源共享课程8门、省精品课程22门、省在线开放课程1门。学校两次获全国优秀高等教育研究机构称号，曾先后获国家教学成果一等奖2项、二等奖7项、省级教学成果奖57项。教学实验中心为全国中医药院校首批确定的“国家级实验教学示范中心”；中医药博物馆被确定为黑龙江中医药博物馆；中医药文献检索中心被确定为中国中医药文献检索中心黑龙江分中心，为国家中医药管理局首批科技项目查新定点单位。