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历史沿革：
1948年春，学校创建于山东省广饶县，为中国人民解放军华东野战军第一后方医院卫生学校。
1950年春，学校随中国人民解放军第二野战军解放大西南进川入渝，落户重庆，后更名为西南区川东医士学校。
1951年春，由中华基督教卫理公会1924年创办的宽仁高级护士职业学校并入西南区川东医士学校。
1952年春，中国人民解放军皖西军区创建的川东军区卫生学校并入西南区川东医士学校，后更名为西南川东卫生学校。
1953年夏，西南川东卫生学校与西南药科学校、重庆工矿卫生学校合并，改名为重庆市卫生学校。后更名为四川省重庆医士学校。
1956年夏，四川省重庆医士学校一分为二，成立四川省重庆药剂学校和四川省重庆医士学校。
1958年夏，四川省重庆医士学校升格为重庆医学专科学校。
1958年秋，江津专区卫生学校在重庆江津诞生（后更名为四川省重庆第二卫生学校）。
1960年春，四川省重庆药剂学校升格为重庆卫生检验专科学校（1961年夏更名为四川省重庆药剂学校）。
1962年夏，四川省重庆护士学校并入重庆医学专科学校，后更名为四川省重庆卫生学校。
1998年春，重庆市直辖后，四川省重庆药剂学校、四川省重庆卫生学校、四川省重庆第二卫生学校分别更名为重庆市药剂学校、重庆市卫生学校、重庆市第二卫生学校。
2006年春，经国家教育部批准，重庆市药剂学校、重庆市卫生学校、重庆市第二卫生学校三校合并升格成立重庆医药高等专科学校。
2013年夏，该沙坪坝校区整体搬入大学城校区。 2014年冬，顺利通过市级示范校建设验收。 2016年8月，入选第二批国家现代学徒制试点单位。 2019年起，学校与重庆科技学院联合开办“3+2专本贯通分段培养项目”本科专业。 2019年10月，通过教育部现代学徒制第二批试点单位验收。 2019年12月，被教育部、财政部列入第四类高水平专业群建设单位（C档）。

现任学校领导：
黄祖春：2007-2011.5任重庆医药高等专科学校校长；吴海峰：2011.5-2014.5任重庆医药高等专科学校党委书记兼校长；冯连贵：2014.5-2020.1.15任重庆医药高等专科学校校长。

截至2020年1月15日，学校官网显示，学校本部教授、副教授等副高以上专业技术人员200余人，“双师”素质教师270余人，具有硕士及以上学位的教师200余人，其中博士学位50余人。有国家级优秀教学科研团队1个、国家级精品课程、国家级精品资源共享课程各1门。

截至2020年1月15日，学校官网显示，学校开设有药学、护理、医学检验技术、临床医学、中医学、助产、康复治疗技术、医学美容技术、药品生产技术、制药设备应用技术、药品经营与管理、药品质量与安全、中药学、卫生检验与检疫技术、食品营养与检测、针灸推拿、眼视光技术、医学影像技术、医疗设备应用技术等19个大专专业，形成了全日制教育、成人教育、继续教育等多层次办学格局。

截至2020年1月15日，学校官网显示，学校位于文化氛围浓郁的重庆大学城，这里青山常翠、碧水常流，高校云集、英才荟萃，这里资源共享、教师互聘、学分互认、课程互选、信息互通。新型的教育城、人才城、科技城、生态城为重庆医药高等专科学校提供了得天独厚的发展空间。